Consiglierei a tutti quando avete tempo di dare un’occhiata a questo video, di cui forse ho anche già parlato, perchè lo trovo bellissimo.

Ode to a flower

E’ in inglese e se può esservi utile riporto la trascrizione che comunque si trova su youtube:

I have a friend who’s an artist and he’s some times taken a view which I don’t agree with very well. He’ll hold up a flower and say, “look how beautiful it is,” and I’ll agree, I think. And he says, “you see, I as an artist can see how beautiful this is, but you as a scientist, oh, take this all apart and it becomes a dull thing.” And I think he’s kind of nutty.

It only adds. I don’t understand how it subtracts.

Scusate per il lungo ritardo! rieccomi qua! questa volta non scriverò nulla… mi limiterò a mettere due video stupendi! davvero davvero meravigliosi! in realtà i due video sono identici.. ma uno dei due ha la spiegazione! Buona visione!

The inner life of the cell

The inner life of the cell II

La spiegazione è in inglese, ma se persino una gnappa come me la capisce vuol dire che è fattibile!
Se volete fare domande, discutere, commentare, ovviamente fatelo! i commenti servono per questo!

Ultimamente si è visto in giro questo buffo omino di neve di cui potete trovare l’articolo originale e il video introduttivo qui. Siccome mi è sembrato molto carino ho pensato di pubblicarlo anche su BdL, anche se non ho molto da aggiungere rispetto ai link!

Con questo post so di rischiare la radiazione dal blog perchè è di stampo più filosofico che scientifico, ma mi sembrava interessante proporre questo spunto di riflessione.
Ieri sul pullman ho discusso con la mia amica Takiko della reintroduzione di un particolare tipo di coccodrillo nel suo ambiente naturale da cui si era ormai estinto. Lei mi ha giustamente detto:”Ma se la natura lo ha portato all’estinzione, perchè hanno deciso di reintrodurlo?”. E’ una saggia domanda a cui si cerca ancora di dare una risposta. Casualmente oggi a lezione abbiamo parlato dello stesso problema, riferito però alle piante. Anche in questo caso un mio collega ha detto:”L’evoluzione va avanti e gli organismi non adatti si estinguono”. Il ragionamento non fa una piega, ma ci sono alcune obiezioni che possono essere sollevate. Innanzitutto, come facciamo a sapere se questi organismi si estinguono perchè la natura vuole così, o perchè noi abbiamo alterato talmente tanto il loro habitat da portarli all’estinzione? Oppure, se quella specie si estingue, siamo sicuri che non dia origine a un effetto farfalla causando un’alterazione irreversibile dell’intero ecosistema in cui vive? Ma quell’organismo che si estingue non era in qualche modo a noi utile? Per esempio, proviamo a pensare a quale danno enorme causerebbe la perdita del grano, che consumiamo regolarmente. Allora bisogna conservare solo le specie che “servono” all’uomo? E una specie che non ha un effettivo utilizzo ma che attira tanti turisti la devo conservare? E come la mettiamo con il grande valore attribuito alla biodiversità? E’ giusto attribuirle così tanto valore?
…meditiamo, gente, meditiamo.

Questa volta volevo fare un post diverso dal solito. Un post meno “sembra-quasi-copiato-da-un-libro”, vediamo se mi riesce. Quello di cui volevo parlare è un argomento fondamentale in ambito scientifico, soprattutto in quelle discipline in cui non conosci e non conoscerai mai tutti i parametri che costituiscono il sistema che stai analizzando. Volevo parlarvi della logica che sta dietro al concetto di controllo.

Il controllo, in biologia soprattutto, è un must per chi vuole avere dei dati sperimentali validi e pubblicabili. Sempre e comunque, in tutti gli esperimenti, non bisogna mai limitarsi alle singole prove, ma queste devono essere confermate da prove ulteriori; altrimenti è impossibile nel vero senso della parola affermare che l’evento B è causato dal fattore A, perché assieme ad A ci sono contemporaneamente n fattori che potrebbero in qualche modo influire sull’evento che state studiando e senza che ve ne accorgiate avere dei risultati completamente falsati. Bisogna isolare dal “rumore di fondo” l’evento che si vuole studiare. Proprio questo è il significato di controllo: controllare che B sia dato da A e che A dia B (anche se spesso in biologia A causa B e B a sua volta agisce su A, quindi non è proprio lineare il rapporto causa effetto)

Abbiamo una provetta con dentro del DNA qualsiasi e dobbiamo utilizzare degli enzimi di restrizione (ne ho già parlato qui) per ottenere N frammenti. Non possiamo limitarci a fare solo la reazione di taglio, perché dobbiamo essere certi che il taglio del DNA sia solo ed esclusivamente opera del mio enzima, e non un taglio casuale. Come facciamo a verificarlo? La logica qui è semplice, dobbiamo verificare che il DNA senza enzimi rimanga intero, quindi facciamo “reagire” il DNA da solo. Questa procedura è un controllo negativo, perché mi deve dare un risultato negativo (ovvero non devo vedere nessun effetto). Quindi l’evento B (taglio del DNA) è stato causato solo dall’evento A (reazione enzimatica). Se qualcuno di voi si è chiesto o si sta chiedendo se non sia il caso di verificare che l’evento A si sia svolto correttamente, perché può capitare ad esempio che l’enzima non sia più funzionante o lavori con efficienza minore di quella voluta, gli faccio i miei complimenti. Questa è la logica del controllo positivo! Il controllo positivo è una prova sperimentale a tutti gi effetti, e mi aspetto di vedere un risultato che mi confermi che A lavori come dovuto; in questo caso allestisco una reazione dai risultati noti (in questo caso l’enzima con una sequenza di DNA nota) in modo da vedere se l’enzima tagli correttamente.
Il concetto di controllo si può applicare ovunque, e devono essere sempre presenti ogniqualvolta si svolge un esperimento.

Se vogliamo controllare se un fattore di crescita (Growth Factor) funziona su una popolazione cellulare, oltre a preparare una piastra in cui aggiungo il fattore di crescita, devo tenerne una in cui non lo aggiungo e vedere la differenza.

Se vogliamo verificare che una proteina cellulare A interagisca con un’altra proteina B, sempre della cellula dovremo sempre andare a fare il controllo di A per B e B per A per esserne completamente certi.

Sempre, quando trattiamo con strutture così complesse come un organismo o anche solo parti di esso dobbiamo tenere a mente queste cose. Molte volte sono più i punti di controllo che le effettive prove sperimentali, e spesso, in diversi articoli pubblicati ci si accorge che mancano dei controlli che invece ci sarebbero dovuti essere. Questo per dire che anche i migliori sbagliano!

Se avete domande o chiarimenti o correzioni scrivete nei commenti!!

A presto

Nei miei viaggi mentali tra libri, articoli e siti internet sono incappata in qualcosa di estremamente curioso e vorrei condividerlo.

Anzitutto, questo:

‘In the cell habitat, an invading organism can progressively lose pieces of itself, slowly blending into the general background, its former existence betrayed only by some relic. Indeed, one is reminded of Alice in Wonderland’s encounter with the Cheshire cat…There are a number of objects in a cell like the grin of the Cheshire cat. For those who try to trace their origin, the grin is challenging and truly enigmatic.’ Sir David Smith, The Cell as a Habitat, 1979

Ma soprattutto vorrei segnalare il progetto da cui è tratta questa citazione: The Human Genome: Poems on the Book of Life. Questo sito raccoglie citazioni, poesie e aforismi collegati con la biologia ed in particolare con la mappatura del genoma umano, ma cerca anche i collegamenti con le reazioni artistiche e religiose a tale evento. Si può vedere proprio come un’esplorazione poetica di una delle più grandi scoperte scientifiche di sempre!

Qualche giorno fa ho pubblicato questa domanda:

“Come mai se ci mangiamo una caramella alla menta sentiamo una sensazione di fresco, pur non essendo fresca la caramella stessa?”

Un nostro lettore, che ringrazio molto,e col quale mi scuso per averlo fatto aspettare, ha provato a dare una risposta, che spero non si arrabbi se la pubblico:

Potrebbe essere a causa del mentolo, un alcol chirale appartenente alla classe dei terpenoidi, estratto dalle foglie di menta piperita (Mentha x piperita) o prodotto per via sintetica, che causa vasocostrizione ove applicato. Oppure potrebbe stimolare i recettori della temperatura, un pò come fa la capsaicina.
Probabilmente ho detto stupidaggini, ma ci ho provato!

La risposta, nella sua seconda parte, è sostanzialmente corretta.  Nel senso che il mentolo attiva un recettore, il quale è un canale cationico; la sua attivazione porta alla depolarizzazione della membrana plasmatica, che genera un impulso nervoso che arriva al SNC, il quale lo interpreta come segnale termico!

L’argomento che mi interessava sottolineare è questo: il recettore canale coinvolto, il TRPM8, appartiene ad una superfamiglia di proteine, i TRP (Transient Receptor Potential), i quali sono espressi in tutto il regno animale e mediano moltissime funzioni. Una delle particolarità di questi recettori è la loro modulabilità, sono cioè attivabili e regolabili da moltissimi fattori anche molto diversi tra loro. Il TRPM8 in particolare viene attivato dal Mentolo e dall’Eucaliptolo, ma è anche un Termocettore attivato dalle basse temperature (ecco quindi spiegato il fenomeno, anche se non ne ho ben chiaro il significato evolutivo). Quindi capite che quando si ha a che fare con proteine simili tutti i nostri schemi, le nostre classificazioni vanno un po’ a farsi benedire.

La scoperta dei TRP (avvenuta se non erro in Drosophila melanogaster) ha rivoluzionato un po’ tutta la fisiologia e la biologia cellulare; ad esempio per alcuni di loro è stato coniato il termine chanzyme, che unisce la radice della parola channel (canale) e la terminazione della parola enzyme (enzima), perchè avevano funzioni miste.

A presto!

Non vi sto prendendo in giro. Il problema che ci si può porre è proprio questo: il tanto chiacchierato effetto serra ,ovvero il parziale assorbimento della radiazione emessa dalla Terra (che supponiamo per l’occasione comportarsi come un corpo nero) ad opera dei cosiddetti gas serra (soprattutto metano, vapore acqueo e anidride carbonica) i quali la riemettono in entrambi i versi della direzione radiale (detto in poche parole, riemettono verso lo spazio e verso la Terra e così non tutto quello che il pianeta emette arriva ad uscire dall’atmosfera) causando un aumento della temperatura, avviene effettivamente nelle serre?

Questo schema illustra il meccanismo con cui l'effetto serra agisce. Non tutta la radiazione infrarossa emessa dalla Terra arriva ad uscire dall'atmosfera perchè assorbita e riemessa dai gas serra. Grazie a questo meccanismo la temperatura sulla superficie terrestre è maggiore dei -15°C che possono essere calcolati con il modello del Global Energy Balance.

L’interessante sta proprio nel fatto che le serre reali (quelli in cui si coltivano le piante per esempio) non funzionano affatto in base a questo principio.

Generalmente le serre sono di plastica trasparente o di vetro e sono costruite come delle piccole casette, cioè hanno delle pareti ed una copertura. A garantire il riscaldamento della serra è il fatto che il Sole scalda il terreno (o il pavimento della serra) perchè sia l’aria che il vetro o la plastica usata sono trasparenti. E il terreno riscalda a sua volta l’aria che è contenuta nella serra, la quale tenderebbe a salire ma siccome è in un “edificio” chiuso non può farlo e rimarrà pertanto all’interno, scaldandosi sempre di più. Si può anche fare la controprova di aprire una finestra in una serra e notare che la temperatura scende piuttosto in fretta!

Rieccomi…(e beh, scusatemi, devo recuperare la mia assenza). Qualcuno di voi vuole provare a dare una risposta a questa domanda?

Come mai se ci mangiamo una caramella alla menta sentiamo una sensazione di fresco, pur non essendo fresca la caramella stessa?