Il titolo non è mio, l’ho rubato da un editoriale pubblicato su Nature Medicine qualche tempo fa, mi piacerebbe illustrare bene l’argomento perchè è senz’altro interessante!
Attualmente, circa il 7-8% del nostro genoma è costituito da sequenze di chiara origine retrovirale. Credo sappiate tutti che cosa siano i retrovirus e che conosciate la loro importanza biologica, in ogni caso ho scritto qualche mese fa un articolo interamente dedicato a loro. La capacità di integrare sistematicamente il loro genoma (che da RNA viene retrotrascritto in DNA a doppio filamento) in quello della cellula ospite (grazie ad un ezima particolare chiamato Integrasi), con l’obiettivo di utilizzare i macchinari biosintetici della cellula per replicarsi, ha permesso che pezzi dei loro genomi rimanessero intrappolati negli ospiti e che venissero poi trasmessi di generazione in generazione. Non so se vi rendiate conto, ma l’8% di 3 miliardi di paia di basi (tant’è il nostro genoma) fa una discreta quantità di basi. Considerando poi che il DNA codificante nei mammiferi si aggira attorno al 1,5-2% c’è ben da rimanere meravigliati! Se è molto chiaro il meccanismo attraverso il quale si vengano a creare questi inserti, non è altrettanto chiaro il motivo per cui queste sequenze sono sopravvissute fino a noi, ma questo discorso si infila in una cornice più ampia che riguarda il significato biologico e funzionale di tutto il DNA non codificante, che rappresenta quindi il 98% del DNA umano, alla luce inoltre di numerosi studi che illustrano come nonostante questo DNA non contenga informazioni per sintetizzare proteine, venga comunque trascritto in RNA che costituiscono la cosiddetta materia oscura biologica (Dark Matter).
La struttura genomica di un retrovirus è abbastanza standard, nel virus il genoma è sottoforma di RNA a singolo filamento, ed è presente in doppia copia, quindi sono virus Diploidi. Una volta entrato nella cellula, grazie alla trascrittasi inversa ciascun filamento di RNA viene retrotrascritto in DNA a doppio filamento, ma il processo di retrotrascrizione, che ho descritto nel mio articolo apposito sui retrovirus, determina un’aggiunta di due sequenze terminali identiche chiamate LTR, Long Terminal Repeats. Queste sequenze terminali sono molto importanti, primo perchè determinano la successiva integrazione del genoma virale retrotrascritto (provirus) nel genoma della cellula ospite, grazie ad apposite sequenze riconosciute dall’integrasi, e secondo perchè contengono dei siti di legame per dei fattori di trascrizione cellulari, i fattori di trascrizione (di cui ho già parlato in altri articoli) sono delle proteine che, in genere sotto forma di dimeri, riconoscono sequenze apposite di DNA e favoriscono la trascrizione dei geni a valle di queste sequenze. Quindi le LTR fanno in modo che il genoma virale venga trascritto dagli stessi fattori di trascrizione e dalla stessa RNA polimerasi cellulare. Il problema è che queste LTR potrebbero in qualche modo favorire la trascrizione di geni cellulari oltre che virali, è un evento che per quanto raro non si può escludere. E’ come se si venisse a creare un modello sperimentale come quelli che solitamente i biologi costruiscono artificalmente, ovvero per fare esprimere un gene in un modello biologico (linea cellulare, animale) si associa questo gene ad un promotore cosiddetto forte, ovvero un promotore che è dimostrato funzioni bene in quel particolare modello, se voglio fare esprimere un gene in una linea cellulare epatica, di certo non andrò ad usare un promotore del gene della catena alfa dell’emoglobina perchè so già che è un gene silenziato negli epatociti e quindi non funzionerebbe, mentre protei usare un promotore di un gene che normalmente è espresso come quello della Piruvato chinasi (un enzima espresso in tutte le cellule dell’organismo in quanto indispensabile per la glicolisi). In questo caso abbiamo l’introduzione di un promotore virale, che per necessità dovrà essere un promotore forte, che potrebbe attivare la trascrizione di geni cellulari.
Normalmente tutte le sequenze retrovirali che sono fossilizzate nel nostro genoma non sono attive, anzi sono attivamente represse attraverso le metilazioni della citosina (un marcatore epigenetico che determina la totale inattività della sequenza). E’ possibile però che ci siano delle alterazioni nello stato della metilazione di alcune di queste sequenze e questo provocherebbe la riattivazione di queste LTR. Se queste LTR riattivate dovessero essere in prossimità di geni che favoriscono la proliferazione o sopravvivenza della cellula, i cosiddetti oncogeni, potremmo ritrovarci ad una possibile iniziazione tumorale, con una cellula potenzialmente senza controllo. Inoltre il concetto di prossimità a livello cromosomico è abbastanza relativo, ma proprio a proposito di questo volevo parlarvi di un articolo pubblicato sullo stesso numero dell’editroriale (per il quale l’editoriale è stato scritto), in cui dimostrano che in cellule di una determinata neoplasia, un Linfoma di Hodgkin, era attivata l’espressione in modo costitutivo di un gene, CSF1R (Colony Stimulating Factor 1 Receptor), la cui proteina è un recettore per un fattore di crescita CSF1 che normalmente è espresso a livello delle cellule staminali emopoietiche e che poi viene represso quando le cellule si differenziano nelle cellule del sangue. Infatti mentre le linee cellulari derivate dai campioni tumorali esprimevano sia il recettore che il ligando (In questo modo le cellule tumorali si autostimolano in un modo conosciuto come Loop Autocrino), le linee cellulari non tumorali no. Dimostrato il ruolo oncogenico di CSF1-CSF1R, i ricercatori hanno dimostrato (sequenziando il trascritto di CSF1R) che nel messaggero del gene era inclusa una porzione di 250bp che normalmente dovrebbe stare molto più a monte del gene stesso (6 Kilobasi), questa sequenza allineava con una sequenza retrovirale, che aveva perduto le metilazioni che la inattivavano e quindi aveva iniziato a stimolare l’espressione del gene in questione, e che evidentemente si fondeva con il trascritto per un evento di splicing alternativo.
Ovviamente ho fatto un riassunto molto stringato dell’articolo, consiglio a chi potesse di andarselo a leggere, darò le indicazioni nella bibliografia. In ogni caso credo sia chiaro che cosa significhi l’espressione the enemy within, e credo anche che bisognerebbe riflettere ulteriormente sul significato biologico di queste sequenze retrovirali fossilizzate nel nostro genoma.
Come ulteriore consiglio, suggerisco di leggere anche il mio vecchio articolo sui Virus (e retrovirus) oncogeni, che chiude il quadro della questione.
Se avete domande o qualsiasi altra cosa da dire usate i commenti! Alla prossima.
Mi sono basato su:
Lamprecht et al, “Derepression of an endogenous long terminal repeat activates the CSF1R proto-oncogene in human lymphoma”, Nature Medicine, May 2010;
Michael E Engel & Scott W Hiebert: The enemy within: dormant retroviruses awaken. Nature Medicine, May 2010;












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