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	<title>Bottiglie di Leida</title>
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	<description>Un blog sulla scienza e gli scienziati</description>
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		<title>Vettori retrovirali: come e perchè</title>
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		<pubDate>Tue, 15 Nov 2011 10:08:51 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Manuel</dc:creator>
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		<description><![CDATA[Ammetto che i retrovirus turbano la mia mente, come biologo molecolare mi sento profondamente attratto da loro (patogeni esclusi), basta vedere quanta attenzione ho loro dedicato! Sarà che ben l&#8217;8% del mio genoma in realtà è retrovirale? Ma se è per questo anche il vostro (vedere articolo precedente)! Un vettore molecolare è un sistema per trasferire elementi [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;">Ammetto che i retrovirus turbano la mia mente, come biologo molecolare mi sento profondamente attratto da loro (patogeni esclusi), basta vedere quanta attenzione ho loro dedicato! Sarà che ben l&#8217;8% del mio genoma in realtà è retrovirale? Ma se è per questo anche il vostro (vedere articolo precedente)!<br />
Un vettore molecolare è un sistema per trasferire elementi genici (geni interi, frammenti di geni, elementi regolatori) in un sistema accettore compatibile. Gli esempi di vettori più semplici che abbiamo sono i plasmidi batterici, molecole di DNA circolare (che si trovano normalmente in natura come elementi extracromosomici nei batteri, appunto) all&#8217;interno delle quali possiamo inserire dei geni di nostro interesse, dopodichè non dobbiamo &#8220;far altro&#8221; che introdurre questi plasmidi &#8220;pieni&#8221; all&#8217;interno dei batteri scelti (processo detto trasformazione) e in questo modo i batteri, che faremo proliferare, produrranno numerose copie di questo plasmide e se è il caso esprimeranno anche la proteina relativa (per approfondire leggere il mio vecchio articolo <a href="http://www.bottigliedileida.net/2009/04/cloning-a-gene/">cloning a gene</a>)!<br />
I vettori retrovirali hanno la stessa filosofia di base, ma sono decisamente più sofisticati e raffinati. Ma andiamo con ordine! Ovviamente un vettore retrovirale si basa sulla biologia dei Retrovirus di cui, come ho già detto nell&#8217;articolo precedente, ho già parlato anche fin troppo (<a href="http://www.bottigliedileida.net/2010/11/retrovirus/">Qui</a> e <a href="http://www.bottigliedileida.net/2011/07/virus-e-tumori-2/">Qui</a> e <a href="http://www.bottigliedileida.net/2011/11/the-enemy-within/">Qu</a>i), per cui non sto a rispiegare cosa sono e cosa fanno.</p>
<p style="text-align: justify;">Quello che spiegherò invece è la struttura del genoma retrovirale; un retrovirus ha un genoma a RNA a singolo filamento. Alle estremità di questo filamento ci sono due sequenze terminali diverse, una sequenza terminale 5&#8242; costituita da una regione chiamata R e una regione chiamata U5, e una sequenza terminale 3&#8242;, costituita da una sequenza chiamata U3 e una copia identica della sequenza R.</p>
<p style="text-align: center;">R-U5_________________(RNA a singolo filamento)_______________U3-R</p>
<p style="text-align: justify;">Queste sequenze (R-U5 e U3-R) sono estremamente importanti sia nell&#8217;integrazione del genoma virale (retrotrascritto poi in DNA), sia nell&#8217;espressione dei geni virali da parte di fattori di trascrizione dell&#8217;ospite. Durante la retrotrascrizione, il processo col quale il Genoma virale di RNA a singolo filamento viene trasformato in un genoma a DNA a doppio filamento (leggere il post Retrovirus), vengono aggiunte dei pezzettini al genoma in costruzione, e queste sequenze sono rispettivamente la sequenza U3 al 5&#8242; (prima della sequenza R) e di U5 al 3&#8242;, (dopo la sequenza R). In questo modo, quelle che nel genoma a RNA erano sequenze terminali diverse (R+U5 vs U3+R), ora sono diventate delle sequenze terminali identiche (U3-R-U5 e U3-R-U5) Queste sequenze sono chiamate LTR, Long terminal Repeats.</p>
<p style="text-align: center;">U3-R-U5_____________(DNA a doppio Filamento)______________U3-R-U5</p>
<p style="text-align: justify;">All&#8217;interno del genoma, tra queste due LTR ci sono ovviamente i geni retrovirali. I tre geni più importanti sono chiamati Gag, env e pol, che codificano ciascuno per diverse proteine. Il gene <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Group-specific_antigen">gag</a> codifica per le proteine del capside virale, <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Env_%28gene%29">Env</a> codifica per le proteine dell&#8217;<a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Viral_envelope">envelope</a> e Pol codifca per proteine come la retrotrascrittasi, l&#8217;integrasi e la proteasi.<br />
La trascrizione di questi geni inizia una volta che il Genoma a DNA si è integrato. I trascritti possono Monocistronici (ovvero contenere un solo gene) oppure policistronici. La maturazione delle proteine virali avviene poi attraverso la proteasi che dai precursori genera le proteine definitive.<br />
Oltre a Gag, Pol e env, ci sono anche altri geni accessori che possono variare da retrovirus a retrovirus, e hanno il compito di facilitare l&#8217;operato del virus, molto famosa è, nell&#8217;HIV, la proteina <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Tat_(proteina)">Tat</a>, codificata dal gene omonimo, che è un trans-attivatore, ovvero è una proteina che durante la trascrizione del genoma del virus integrato, si lega al trascritto nascente e permette di aumentare l&#8217;efficienza della trascrizione stessa consentendo la produzione di trascritti full-lenght, senza questa proteina il virus sarebbe in grado di sintetizzare solo messaggeri troppo corti.</p>
<p style="text-align: justify;">Un vettore retrovirale sfrutta la capactà dei retrovirus di INFETTARE le cellule e di INTEGRARE il loro genoma in quello delle cellule ospiti. In questo modo possiamo trasferire e far esprimere geni che vogliamo ai nostri modelli sperimentali (linee cellulari, animali) in maniera permanente e stabile. Quello che ci serve prima di tutto è quindi il genoma di un retrovirus, all&#8217;interno di questo genoma che è solitamente lungo una decina di kilobasi, dobbiamo inserire il gene di interesse. I problemi sono 2, il primo è che la somma tra il genoma retrovirale e il gene di interesse non deve superare una soglia critica, perchè altrimenti il vettore non potrà essere inserito all&#8217;interno del virus (capside) stesso per motivi di spazio. Il secondo è che non possiamo lavorare con il genoma ad RNA. Per il primo problema si è fatto sì che si sviluppassero dei vettori retrovirali estremamente ridotti, ovvero contenenti soltanto le LTR terminali ed una sequenza molto importante chiamata di incapsidamento (spiegherò dopo il significato). In questo modo, avendo eliminato tutti i geni retrovirali, io posso inserire all&#8217;interno delle LTR il mio gene di interesse. Il secondo problema è stato aggirato lavorando su vettore retrovirale in DNA. Tra tutti i vettori retrovirali, i più diffusi sono quelli lentivirali (i lentivirus sono una sottoclasse dei retrovirus)</p>
<p> <img id="il_fi" class="aligncenter" src="http://catalog.takara-bio.co.jp/en/IMAGES/3657a_en.gif" alt="" width="305" height="159" /></p>
<p>&nbsp;</p>
<p style="text-align: justify;">In questo Vettore retrovirale abbiamo le due sequenze LTR, e una sequenza Psi che è la sequenza di incapsidamento. Dopodichè abbiamo due geni, uno che codifica una proteina che conferisce resistenza all&#8217;ampicillina esterno alle LTR, e un altro che codifica una proteina che conferisce resistenza ad un altro antibiotico, la neomicina che è interno alle LTR e sotto un promotore specifico SV-40 (SV-40 è un promotore appartenente ad un virus delle scimmie, ma non un retrovirus). Che cosa servono questi due geni di resistenza antibiotica? Servono per selezionare. Per iniziare, devo trovare il sistema per inserire il gene di interesse nel vettore di cui vedete sopra un&#8217;immagine (esistono tantissimi tipi di vettori retrovirali, e lentivirali in particolar modo). Il modo tradizionale consiste nell&#8217;usare degli enzimi di restrizione. Un enzima di restrizione è un enzima che taglia un doppio filamento di DNA, riconoscendo una specifica sequenza. Se io taglio il mio vettore, con un enzima che riconosca una sequenza una sola volta, e che quindi faccia un solo taglio (Per fare questo c&#8217;è una mappa di restrizione che indica i diversi siti di taglio presenti sul vettore), e in particolar modo riconosca una sequenza presente nella regione chiamata MCS, io aprirò il mio vettore, lo renderò una molecola di DNA lineare. Il taglio deve generare preferibilmente delle <a href="http://www.biology-online.org/dictionary/Sticky_end">sticky ends</a>, in modo che, usando lo stesso enzima per il mio gene di interesse (facendo attenzione che non lo tagli in mezzo, ma solo alle estremità), Io potrò incastrare il mio gene di interesse all&#8217;interno del mio vettore linearizzato proprio perchè avranno le estremità complementari. Legando il mio gene al mio vettore, questo si ricircolarizzerà, generando una molecola di DNA circolare con dentro il mio gene. Il gene è inoltre stato inserito in mezzo alle due LTR retrovirali (perchè ho utilizzato un enzima che tagliasse nel MCS). Ci sono inoltre dei metodi per inserire il gene nella direzione giusta, in modo che sia sotto il controllo del giusto promotore retrovirale (clonaggio direzionale).<br />
Dopodichè si utilizzano dei batteri, all&#8217;interno dei quali inseriamo il nostro vettore per aumentarne la quantità. Solo i batteri che hanno assunto il vettore saranno in grado di crescere in un terreno contenente ampicillina, in questo modo io seleziono esclusivamente i batteri che mi servono, quelli che hanno il vettore. La domanda che potreste fare è: ma se visto che ho due geni che danno la resistenza due antibiotici diversi, uno chiaramente per i batteri e l&#8217;altro per le cellule eucarioti, sono interscambiabili? Posso cioè utilizzare la neomicina per selezionare i batteri anzichè l&#8217;ampicillina? la risposta è no, perchè in questo caso il gene della resistenza alla neomicina è sotto un promotore specifico per le cellule eucarioti, e i batteri non lo leggerebbero, per cui i batteri non sono resistenti alla neomicina, mentre le cellule eucarioti non sono sensibili all&#8217;antibiotico ampicillina per cui la selezione invertita non funzionerebbe.<br />
Una volta ottenute grandi quantità di vettore, devo passare allo step successivo. Ovvero creare il retrovirus che contenga come genoma il mio vettore che ho appena costruito. Per fare questo devo tenere conto di diverse cose. innanzitutto, il mio vettore retrovirale, che ho appena costruito da solo non è in grado di produrre nessun virus visto che gli mancano tutti i geni (che gli sono stati tolti per far spazio al gene di mio interesse). Pertanto devo utilizzare un sistema di vicariaggio, ovvero inserire artificilamente il mio vettore appena fatto in cellule apposta (trasfezione). Queste cellule sono chiamate cellule Helper, poichè portano al loro interno tutti i geni retrovirali necessari (gag, env, pol ecc) ma senza la sequenza di incapsidamento. Quindi le cellule helper sono in grado di fornire al mio vettore le proteine neccessarie a integrarsi e trascriversi, sono in grado fabbricare le proteine strutturali virali e quindi di fabbricare il corpo del virus all&#8217;interno del quale dovrà incapsidarsi il nostro vettore di interesse. A questo punto entra in gioco il secondo fattore, ovvero la sequenza di incapsidamento: mentre il vettore che contiene il gene di mio interesse contiene la sequenza di incapsidamento, quello che fornisce le proteine retrovirali no, pertanto è impossibile che si vengano a creare dei virus contenenti il vettore con gag env e pol, ma solo quello contenente il gene che voglio. Le cellule Helper sono ottenute infettando delle cellule con un retrovirus privato della sequenza psi; con i primi protocolli accadeva che durante il processo di produzione dei retrovirus, si generassero spontaneamente dei retrovirus replicazione competenti (al contrario di quelli che si volevano ottenere, dei virus replicazione-incompetenti); questa reversione spontanea era dovuta ad eventi di ricombinazione tra il vettore col gene di mio interesse e il vettore con i geni virali standard privato della sequenza psi. Per ovviare a questo problema, si iniziò a transfettare le cellule Helper con vettori separati: uno che codifica per i geni gag-pol, ed un secondo vettore che contiene invece il gene env. Il gene env è molto importante perchè codifica per le proteine di superficie, quelle dell&#8217;envelope, che sono le proteine con cui il virus riconosce le cellule e le infetta. Il gene env quindi detrmina la specificità (tropismo) del virus nei confronti dell&#8217;ospite. Oltre a questo accorgimento si iniziarono a togliere tutte le sequenze non indispensabili dai vettori helper, per ridurre la probabilità di ricombinazione.<br />
Quindi alla fine della fiera, io inserisco il mio vettore retrovirale nelle cellule helper, e queste cellule helper dopo alcuni giorni di incubazione mi daranno numerose particelle virali contenenti il vettore di mio interesse, anche se sulla totatilità solo una percentuale sarà effettivamente attiva (alcune particelle potranno infatti essere vuote). Io quindi prelevo dal terreno di coltura di queste celluel helper i miei virus, e posso usarlo per infettare le mie cellule. Il virus che ho ottenuto, sarà quindi come stabilito, replicazione incompetente perchè il suo genoma non è in grado di produrre le proteine virali, questo fa sì che quando utilizzerò il virus appena prodotto per infettare le cellule designate, che non sono più cellule helper, ma cellule normali, si avrà soltanto il processo di infezione, di retrotrascrizione e di integrazione del genoma virale e non si avrà nessuna produzione di virus. Ovviamente le cellule da infettare devono essere compatibili con il virus ottenuto, e la compatibilità è data, come ho detto prima, dalle proteine dell&#8217;envelope.<br />
Quindi, lo step finale è quello di utilizzare i virus prodotti per infettare le cellule, normalmente quello che si fa è di creare sia un controllo positivo che un controllo negativo. Il controllo positivo può essere un retrovirus contenete nel suo genoma il gene della GFP, in modo che questo renda facile la quantificazione dell&#8217;efficienza di infezione (in base al numero di cellule con la fluorescenza verde). Il controllo negativo è un vettore retrovirale vuoto, senza nessun gene inserito, questo serve a controllare gli effetti dell&#8217;integrazione casuale che il genoma retrovirale subisce. Inoltre, le cellule infettate col virus vengono fatte crescere in un terreno contenente neomicina (nel caso del vettore in figura), per selezionare solo le cellule che hanno integrato il vettore. Le cellule infettate quindi esprimeranno stabilmente il gene di mio interesse, e il vantaggio di usare vettori retrovirali è che l&#8217;efficienza di infezione è molto alta, molto più alta di qualsiasi altro metodo &#8220;gene-delivering&#8221;.</p>
<p style="text-align: justify;">Ora, per finire, vorrei parlarvi delle apllicazioni pratiche di questo sistema. A cosa mi serve creare dei retrovirus per far esprimere geni di mio interesse? Beh, senz&#8217;altro a studiare gli effetti dell&#8217;espressione di uno o più geni in un sistema controllato. Ad esempio io trovo che in un particolare tipo di tumore ricorre una particolare mutazione in un gene specifico. Per dimostrare che questa mutazione sia o meno importante nella generazione del tumore, io posso utilizzare dei vettori retrovirali per infettare cellule che non esprimono quel gene con la forma mutata e con la forma standard e osservare le differenze di comportamento nelle cellule infettate.<br />
Un altro campo di applicazione è la cosiddetta Gene-therapy, terapia genica, ovvero il tentativo di curare malattie attraverso l&#8217;espressione di geni estranei. Famoso è il caso del deficit di adenosina deaminasi (<a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Adenosine_deaminase_deficiency">ADA-deficiency</a>), una malattia genetica che causa una gravissima immunodeficienza congenita. Si è provato a prelevare le cellule staminali emopoietiche di bambini malati, e infettarle con un retrovirus contenente il gene dell&#8217;enzima ADA. Straordinariamente le cellule transgeniche, una volta reimmesse nel midollo osseo dei bambini, davano origine a cellule immunitarie funzionanti, eliminando così l&#8217;immunodeficienza. Questi sono rari casi di successo nei protocolli di terapia genica attualmente in corso. bisogna sottolineare come, essendo l&#8217;integrazione del virus casuale, questo possa rappresentare un rischio di mutagenesi-virus-indotta. Altre applicazioni consistono nell&#8217;utilizzare dei vettori retrovirali per far esprimere geni come l&#8217;insulina nei diabetici (in corso di sperimentazione), o di utilizzare questi vettori come &#8220;bombe&#8221; mirate a far suicidare le cellule tumorali (introducendo geni antiproliferativi come <a href="http://www.bottigliedileida.net/2010/11/p53-il-guardiano-del-genoma/">p53</a>), il problema è quello di riuscire a costruire dei vettori specifici soltanto per le cellule tumorali.<br />
Concludo con una nota sulla sicurezza in laboratorio durante la produzione di questi virus. Il pericolo maggiore per i ricercatori è quello ovviamente di infettarsi con il virus prodotto, questo ovviamente è tanto più possibile quanto più compatibile è il virus con l&#8217;essere umano. Per questo è obbligatorio seguire rigide preocedure di sicurezza (lavorare in laboratori attrezzati specificamente e adibiti apposta, lavorare sempre sotto cappa, indossare mascherina e indumenti protettivi ecc, buon senso)</p>
<p style="text-align: justify;">Spero di non avervi annoiato! Se avete domande, usate i commenti!</p>
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		<title>The enemy within</title>
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		<pubDate>Tue, 08 Nov 2011 10:16:45 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Manuel</dc:creator>
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		<description><![CDATA[Il titolo non è mio, l&#8217;ho rubato da un editoriale pubblicato su Nature Medicine qualche tempo fa, mi piacerebbe illustrare bene l&#8217;argomento perchè è senz&#8217;altro interessante! Attualmente, circa il 7-8% del nostro genoma è costituito da sequenze di chiara origine retrovirale. Credo sappiate tutti che cosa siano i retrovirus e che conosciate la loro importanza [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;">Il titolo non è mio, l&#8217;ho rubato da un editoriale pubblicato su Nature Medicine qualche tempo fa, mi piacerebbe illustrare bene l&#8217;argomento perchè è senz&#8217;altro interessante!<br />
Attualmente, circa il 7-8% del nostro genoma è costituito da sequenze di chiara origine retrovirale. Credo sappiate tutti che cosa siano i retrovirus e che conosciate la loro importanza biologica, in ogni caso ho scritto qualche mese fa <a href="http://www.bottigliedileida.net/2010/11/retrovirus/">un articolo</a> interamente dedicato a loro. La capacità di integrare sistematicamente il loro genoma (che da RNA viene retrotrascritto in DNA a doppio filamento) in quello della cellula ospite (grazie ad un ezima particolare chiamato Integrasi), con l&#8217;obiettivo di utilizzare i macchinari biosintetici della cellula per replicarsi, ha permesso che pezzi dei loro genomi rimanessero intrappolati negli ospiti e che venissero poi trasmessi di generazione in generazione. Non so se vi rendiate conto, ma l&#8217;8% di 3 miliardi di paia di basi (tant&#8217;è il nostro genoma) fa una discreta quantità di basi. Considerando poi che il DNA codificante nei mammiferi si aggira attorno al 1,5-2% c&#8217;è ben da rimanere meravigliati! Se è molto chiaro il meccanismo attraverso il quale si vengano a creare questi inserti, non è altrettanto chiaro il motivo per cui queste sequenze sono sopravvissute fino a noi, ma questo discorso si infila in una cornice più ampia che riguarda il significato biologico e funzionale di tutto il DNA non codificante, che rappresenta quindi il 98% del DNA umano, alla luce inoltre di numerosi studi che illustrano come nonostante questo DNA non contenga informazioni per sintetizzare proteine, venga comunque trascritto in RNA che costituiscono la cosiddetta materia oscura biologica (<a href="http://www.bottigliedileida.net/2010/02/dark-matter/">Dark Matter</a>).<br />
La struttura genomica di un retrovirus è abbastanza standard, nel virus il genoma è sottoforma di RNA a singolo filamento, ed è presente in doppia copia, quindi sono virus Diploidi. Una volta entrato nella cellula, grazie alla trascrittasi inversa ciascun filamento di RNA viene retrotrascritto in DNA a doppio filamento, ma il processo di retrotrascrizione, che ho descritto nel mio articolo apposito sui retrovirus, determina un&#8217;aggiunta di due sequenze terminali identiche chiamate LTR, Long Terminal Repeats. Queste sequenze terminali sono molto importanti, primo perchè determinano la successiva integrazione del genoma virale retrotrascritto (provirus) nel genoma della cellula ospite, grazie ad apposite sequenze riconosciute dall&#8217;integrasi, e secondo perchè contengono dei siti di legame per dei fattori di trascrizione cellulari, i <a href="http://www.bottigliedileida.net/2010/10/fattori-di-trascrizione-e-promotori-un-sistema-chiaveserratura/">fattori di trascrizione</a> (di cui ho già parlato in altri articoli) sono delle proteine che, in genere sotto forma di <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Dimero">dimeri</a>, riconoscono sequenze apposite di DNA e favoriscono la trascrizione dei geni a valle di queste sequenze. Quindi le LTR fanno in modo che il genoma virale venga trascritto dagli stessi fattori di trascrizione e dalla stessa RNA polimerasi cellulare. Il problema è che queste LTR potrebbero in qualche modo favorire la trascrizione di geni cellulari oltre che virali, è un evento che per quanto raro non si può escludere. E&#8217; come se si venisse a creare un modello sperimentale come quelli che solitamente i biologi costruiscono artificalmente, ovvero per fare esprimere un gene in un modello biologico (<a href="http://www.bottigliedileida.net/2010/10/cellule-in-vitro/">linea cellulare</a>, animale) si associa questo gene ad un promotore cosiddetto forte, ovvero un promotore che è dimostrato funzioni bene in quel particolare modello, se voglio fare esprimere un gene in una linea cellulare epatica, di certo non andrò ad usare un promotore del gene della catena alfa dell&#8217;emoglobina perchè so già che è un gene silenziato negli epatociti e quindi non funzionerebbe, mentre protei usare un promotore di un gene che normalmente è espresso come quello della Piruvato chinasi (un enzima espresso in tutte le cellule dell&#8217;organismo in quanto indispensabile per la glicolisi). In questo caso abbiamo l&#8217;introduzione di un promotore virale, che per necessità dovrà essere un promotore forte, che potrebbe attivare la trascrizione di geni cellulari.<br />
Normalmente tutte le sequenze retrovirali che sono fossilizzate nel nostro genoma non sono attive, anzi sono attivamente represse attraverso le metilazioni della citosina (un marcatore epigenetico che determina la totale inattività della sequenza). E&#8217; possibile però che ci siano delle alterazioni nello stato della metilazione di alcune di queste sequenze e questo provocherebbe la riattivazione di queste LTR. Se queste LTR riattivate dovessero essere in prossimità di geni che favoriscono la proliferazione o sopravvivenza della cellula, i cosiddetti <a href="http://www.bottigliedileida.net/2011/04/the-hallmarks-of-cancer/">oncogeni</a>, potremmo ritrovarci ad una possibile iniziazione tumorale, con una cellula potenzialmente senza controllo. Inoltre il concetto di prossimità a livello cromosomico è abbastanza relativo, ma proprio a proposito di questo volevo parlarvi di un articolo pubblicato sullo stesso numero dell&#8217;editroriale (per il quale l&#8217;editoriale è stato scritto), in cui dimostrano che in cellule di una determinata neoplasia, un Linfoma di Hodgkin, era attivata l&#8217;espressione in modo costitutivo di un gene, <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Colony_stimulating_factor_1_receptor">CSF1R</a> (Colony Stimulating Factor 1 Receptor), la cui proteina è un recettore per un fattore di crescita <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Macrophage_colony-stimulating_factor">CSF1</a> che normalmente è espresso a livello delle cellule staminali emopoietiche e che poi viene represso quando le cellule si differenziano nelle cellule del sangue. Infatti mentre le linee cellulari derivate dai campioni tumorali esprimevano sia il recettore che il ligando (In questo modo le cellule tumorali si autostimolano in un modo conosciuto come Loop <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Autocrine_signalling">Autocrino</a>), le linee cellulari non tumorali no. Dimostrato il ruolo oncogenico di CSF1-CSF1R, i ricercatori hanno dimostrato (sequenziando il trascritto di CSF1R) che nel messaggero del gene era inclusa una porzione di 250bp che normalmente dovrebbe stare molto più a monte del gene stesso (6 Kilobasi), questa sequenza allineava con una sequenza retrovirale, che aveva perduto le metilazioni che la inattivavano e quindi aveva iniziato a stimolare l&#8217;espressione del gene in questione, e che evidentemente si fondeva con il trascritto per un evento di splicing alternativo.</p>
<p style="text-align: justify;">Ovviamente ho fatto un riassunto molto stringato dell&#8217;articolo, consiglio a chi potesse di andarselo a leggere, darò le indicazioni nella bibliografia. In ogni caso credo sia chiaro che cosa significhi l&#8217;espressione the enemy within, e credo anche che bisognerebbe riflettere ulteriormente sul significato biologico di queste sequenze retrovirali fossilizzate nel nostro genoma.<br />
Come ulteriore consiglio, suggerisco di leggere anche il mio vecchio <a href="http://www.bottigliedileida.net/2011/07/virus-e-tumori-2/">articolo</a> sui Virus (e retrovirus) oncogeni, che chiude il quadro della questione.</p>
<p>Se avete domande o qualsiasi altra cosa da dire usate i commenti! Alla prossima.</p>
<p style="text-align: justify;">Mi sono basato su:</p>
<p style="text-align: justify;">Lamprecht et al, &#8220;Derepression of an endogenous long terminal repeat activates the CSF1R proto-oncogene in human lymphoma&#8221;, Nature Medicine, May 2010;</p>
<p style="text-align: justify;">Michael E Engel &amp; Scott W Hiebert: The enemy within: dormant retroviruses awaken. Nature Medicine, May 2010;</p>
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		<title>La fortunata progenie dell&#8217;Acido Arachidonico</title>
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		<pubDate>Mon, 07 Nov 2011 07:00:28 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Manuel</dc:creator>
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			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;">Il discorso si preannuncia complicato, cercherò di renderlo al meglio! Mi piacerebbe spiegare come, a partire da una determinata molecola si possa generare un sistema di comunicazione intercellulare estremamente raffinato ed importante, sto parlando del sistema di comunicazione paracrino basato sull&#8217;Acido Arachidonico.</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/Arachidonic_acid.gif"><img class="aligncenter size-full wp-image-1584" title="Arachidonic_acid" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/Arachidonic_acid.gif" alt="" width="198" height="43" /></a>L&#8217;acido arachidonico (AA per gli amici) appartiene alla famglia degli <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Acidi_grassi">acidi grassi</a>, che non sono degli acidi che hanno bisogno di essere messi a dieta, ma delle molecole costituite da una catena idrocarburica, il cui numero di atomi è variabile (da quattro atomi a trentasei), e alla cui estremità è presente un gruppo acido (COOH). Essendo idrocarburi gli atomi di carbonio sono legati ad atomi di idrogeno, e questo rende la molecola dell&#8217;acido grasso quasi totalmente apolare e pertanto idrofobica.  La struttura generale di un acido grasso è questa:</p>
<p style="text-align: center;">CH<sub>3</sub>(CH<sub>2</sub>)<sub>n</sub>COOH</p>
<p style="text-align: justify;">Questa è la struttura di base di un acido grasso saturo, ovvero privo di doppi legami. I doppi legami, chiamati anche insaturazioni, conferiscono numerose proprietà chimico-fisiche, basti pensare alla differenza tra una miscela di grassi prevalentemente saturi ed una miscela di grassi prevalentemente insaturi, rispettivamente burro e olio; l&#8217;AA è un acido grasso poliinsaturo a 20 atomi di carbonio, quindi che contiene più di un doppio legame e precisamente tra il C5 e il C6, tra il C8 e il C9, tra il C11 e il C12 e tra il C14 e il C15. L&#8217;acido arachidonico è presente nelle membrane biologiche, nelle membrane quindi delle nostre cellule, così come molti altri acidi grassi, a formare i<a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Fosfolipidi"> fosfolipidi</a>.</p>
<p style="text-align: justify;">L&#8217;acido Arachidonico è il precursore di numeroissime molecole che funzionano da importantissimi messaggeri localmente tra una cellula e l&#8217;altra.<br />
Come funziona l&#8217;AA? Come ho detto, è un acido grasso che è localizzato nelle membrane cellulari. In risposta a particolari stimoli (dopo faremo degli esempi), si attiva un enzima cellulare praticamente ubiquitario chiamato PLA (Fosfolipasi A), questo enzima è attivato da numerosi segnali intracellulari, tra i quali anche l&#8217;aumento della concentrazione di Calcio intracellulare (Ca++); il calcio è un secondo messaggero universale e le variazioni delle sue concentrazioni determinano risposte cellulari ben precise. Questo enzima libera l&#8217;AA dalle membrane e lo rende disponibile ad altri enzimi cellulari. I due enzimi più importanti sono le Cicloossigenasi e le Lipoossigenasi.<br />
Esistono due isoforme delle Cicloossigenasi (COX), la COX-1 e COX-2, la prima è ubiquitaria, mentre la seconda è inducibile (Pare ci sia anche una terza isoforma, la COX-3, ma alcuni ritengono sia solo una variante della prima). L&#8217;azione delle COX è duplice, la prima reazione che catalizzano è quella di ossidare l&#8217;AA con due molecole di ossigeno e ottenere un anello a 5 atomi di C; la seconda reazione è una perossidazione del C15 dell&#8217;intermedio, e la molecola così ottenuta è la <a href="http://pt.wikipedia.org/wiki/Ficheiro:Prostaglandin_H2.png">prostaglandina H2</a>, (Per meglio capire cliccare <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Prostaglandin_H2">Qui</a>) dalla quale, grazie a numerose enzimi chiamati PG-sintasi otteniamo i Prostanoidi, una serie di molecole dalle azioni più disparate. I derivati dell&#8217;AA sono comunque sempre molecole apolari e pertanto potranno diffondere liberamente tra una cellula e l&#8217;altra.<br />
Tra i prostanoidi annoveriamo le Prostaglandine (PG), che sono molto importanti nell&#8217;infiammazione, la fisiologica risposta dell&#8217;organismo a un danno, fisico, chimico o biologico che sia. Durante un evento infiammatorio, infatti, la sintesi di PGs è enormemente aumentata, salvo poi tornare a livelli nulli quando la risposta infiammatoria si spegne. In molti casi favoriscono il reclutamento delle cellule del sistema immunitario nel tessuto infiammato (<a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Chemiotassi">chemiotassi</a>), aumentano la sensibilità al <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Iperalgesia">dolore</a>, regolano la temperatura corporea provocando la <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Febbre">febbre</a>. La diversità delle prostaglandine è dovuta alla presenza di numerose prostaglandina-sintasi, che operano in seguito all&#8217;attività delle COX. Un esempio di azione delle prostaglandine può essere dato nei casi di asma allergica, dove l&#8217;infiammazione del tessuto bronchiale, in seguito all&#8217;esposizione a particolari antigeni, provoca la produzione anomala di prostaglandine che determinano la classica broncocostrizione.<br />
E&#8217; noto inoltre che nei tumori solidi (carcinomi e sarcomi) si viene a creare un microambiente tumorale infiammatorio, perchè possiamo ben supporre che la crescita incontrollata delle cellule tumorali, lenta o rapida che sia, rappresenti un danno al tessuto sano. Il sistema immunitario viene così attivato contro questo &#8220;danno tissutale&#8221; generando così una infiammazione che perdura, che non si viene ad esaurire perchè la stessa causa dell&#8217;infiammazione perdura (infiammazione cronica). E&#8217; noto pertanto che in diverse occasioni questo microambiente tumorale infiammatorio possa favorire la crescita stessa del tumore.<br />
Altri prostanoidi sono i trombossani che vengono prodotti a partire dalla PGH2 grazie alle Trombossano sintasi nelle piatrine in risposta ad un danno ai vasi sanguigni. I trombossani favoriscono l&#8217;aggregazione piastrinica e attivano la vasocostrizione nel luogo del danno vascolare. E&#8217; quindi chiaro che i trombossani, dervati dall&#8217;AA grazie alle COX, hanno un&#8217;azione pro-coagulante.</p>
<p style="text-align: justify;">Come forse molti di voi sapranno, gli enzimi COX (1 e 2) sono un bersaglio farmacologico molto importante già da tantissimo tempo. I cosiddetti Farmaci antiinfiammatori non steroidei (<a href="http://it.wikipedia.org/wiki/FANS">FANS </a>in italiano e NSAID in inglese) sono degli inibitori selettivi di una o di entrambe le isoforme. Inibire le COX significa inibire la produzione di prostanoidi determinando quindi uno spegnimento dell&#8217;infiammazione qualora questa provochi degli effetti spiacevoli (dolore, febbre, ecc..). Questi farmaci sono tra i più utilizzati comunemente, Ad esempio parlo (principi attivi) dell&#8217;Acido acetilsalicilico, dell&#8217;Ibuprofene, del Ketoprofene del Nimesulide (commercialmente noti come Aspirina, Moment, Oki, Aulin), utilizzati principlamente come 1) antidolorifici e 2) antinfluenzali. Di questi solo l&#8217;aspirina è un inibitore irreversibile. L&#8217;irreversibilità dell&#8217;azione dell&#8217;aspirina è  responsabile degli effetti paralleli del farmaco, che infatti è un fluidificatore del sangue proprio perchè inibisce irreversibilmente la produzione di Trombossani, e visto che le piastrine non sono in grado di sintetizzare enzimi (non hanno nucleo) è necessario aspettare che altre piastrine vengano immesse in circolo (a partire dal loro precursore cellulare, il megacariocita) perchè si riacquisti la capacità di coagulare correttamente. Un altro problema che un uso eccessivo di aspirina, ma in generale di NSAID, può provocare è l&#8217;ulcerazione gastrica o intestinale. Alcune prostaglandine infatti hanno un attività gastrica e intestinale di aumentare la produzione di muco protettivo contro gli acidi gastrici, che quindi diminuiscono in seguito al blocco reversibile o irreversibile delle COX.<br />
Diminuendo l&#8217;infiammazione, alcuni studi hanno dimostrato che questi farmaci hanno un azione protettiva nei confronti di alcuni tipi di tumore (per i motivi che ho detto prima), da qui però a dire che basta prendere un&#8217;aspirina per risolvere il problema ce ne va!<br />
Da diversi anni è in commercio una nuova generazione di COX-inhibitor, che sono altamente specifici per l&#8217;isoforma 2, uno di questi il Rofecoxib (Vioxx) prodotto dalla Merck è stato ritirato dal mercato statuintense perchè aumentava (raddoppiava secondo le stime) il rischio di avere infarti o ictus provocando (giustamente) una marea di polemiche sui controlli della FDA (aveva fatto un servzio anche <a href="http://antoniogenna.com/2008/04/20/report-su-raitre-6-ci-prenderemo-cura-di-te/">Report</a> anni fa).</p>
<p style="text-align: justify;">Ma all&#8217;inizio avevo detto che erano due le vie enzimatiche che l&#8217;AA poteva intraprendere, mutualmente esclusive, una era appunto quella delle COX, l&#8217;altra era quella della Lipoossigenasi. La 5-Lipossigenasi è un enzima presente nelle cellule del sistema immunitario (le COX sono ubiquitarie). L&#8217;azione di questo enzima (perossidare un acido grasso) è quella di creare una serie di derivati che prendono il nome di leucotrieni, anch&#8217;essi responsabili di molti processi infiammatori, particolarmente nota è la loro funzione nell&#8217;asma, dove assieme ad alcune prostaglandine determina la broncocostrizione, per se siete asmatici durante un attacco non vi conviene prendere un&#8217;asprina convinti che in questo modo vi passi tutto perchè le PG smettono di essere prodotte, perchè diminuire l&#8217;attività delle COX aumenta l&#8217;attività della lipossigenasi con aumento di leucotrieni con un possibile peggioramento.</p>
<p style="text-align: justify;">Spero che questo articolo sia stato interessante. La mia intenzione era quella di mostrare come nel nostro organismo ci siano dei raffinatissimi sistemi di comunicazione cellulare che permettono la coordinazione di numerosi processi, come quelli infiammatori.</p>
<p style="text-align: justify;"> </p>
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</ol></div>]]></content:encoded>
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		<title>La sezione aurea nel corpo umano</title>
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		<pubDate>Sun, 06 Nov 2011 12:51:26 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Francesco di Noto Gruppo Eratostene</dc:creator>
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		<description><![CDATA[Questo post è un estratto della rubrica Oltrebotanica curata da Francesco di Noto (nostro collaboratore del Gruppo Eratostene) e Eugenio Amitrano. Il testo completo può essere reperito qui, mentre nel seguito di questo post sono stati raccolti alcuni spunti particolarmente interessanti. Lo staff di BdL si è permesso di aggiungere qualche link per chi volesse [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;"><em>Questo post è un estratto della rubrica Oltrebotanica curata da Francesco di Noto (nostro collaboratore del Gruppo Eratostene) e Eugenio Amitrano. Il testo completo può essere reperito <a href="http://www.atuttoportale.it/didattica/botanica/OltreBotanica/OltreBotanica-01-CorpoUmano.pdf">qui</a>, mentre nel seguito di questo post sono stati raccolti alcuni spunti particolarmente interessanti. Lo staff di BdL si è permesso di aggiungere qualche link per chi volesse approfondire determinati argomenti. Buona lettura!</em></p>
<div id="attachment_1570" class="wp-caption aligncenter" style="width: 225px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/bronzi1.png"><img class="size-medium wp-image-1570" title="bronzi" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/bronzi1-215x300.png" alt="" width="215" height="300" /></a><p class="wp-caption-text">Bronzi di Riace - Museo nazionale della Magna Grecia di Reggio Calabria</p></div>
<p>&nbsp;</p>
<p><span style="font-size: small;">In questo lavoro mostreremo alcune connessioni tra la sezione aurea e corpo umano, in particolare gli aspetti riguardanti l’anatomia, la fisiologia e la patologia. </span></p>
<p style="text-align: center;" lang="it-IT" align="JUSTIFY"> <span style="font-size: small;"><span style="text-decoration: underline;"><strong>Anatomia Aurea</strong></span></span></p>
<p align="JUSTIFY"> <span style="font-size: small;">Nell’anatomia aurea, osserveremo le proporzioni tra le varie parti del corpo umano. “Che proporzioni!” verrebbe istintivo ad un uomo da dire quando osserva una donna molto attraente. Non è un caso, ma le donne più attraenti hanno un rapporto della misura fianchi/vita prossimo al numero aureo. Molti studi hanno dimostrato che la preferenza per le donne con tale rapporto fianchi/vita, non dipende da canoni sociali e culturali ma bensì da fattori di tipo biologico. È l’istinto a ritenere che tale rapporto identifichi nella donna un maggiore equilibrio ormonale e una maggiore fertilità, quindi una maggiore capacità di procreare individui sani e forti. Questo rapporto è stato riscontrato nelle miss elette nei principali concorsi di bellezza, tipo miss America e miss Universo, e persino nelle conigliette di Playboy. Foto di diverse donne sono state mostrate a uomini di tribù amazzoniche, i quali sono privi di ogni forma di condizionamento mediatico, e anche loro gradivano le donne con rapporto fianchi/vita prossimo alla sezione aurea.</span></p>
<div id="attachment_1572" class="wp-caption aligncenter" style="width: 310px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/fianchi1.gif"><img class="size-medium wp-image-1572" title="fianchi" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/fianchi1-300x174.gif" alt="" width="300" height="174" /></a><p class="wp-caption-text">Circonferenze per la misura fianchi/vita, e la miss universo Jimena Navarrete con misure 90-60-90</p></div>
<p align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Quindi, il rapporto tra la misura dei fianchi e quello della vita prossimo a 1,618 è un buon indizio di bellezza e salute, molto apprezzato dai maschi della nostra specie e lo accenna anche <em>Mario Livio</em> nel suo libro “<strong>L’equazione impossibile</strong>”. Si legge a pagina 306 di questo libro:-</span></p>
<p align="JUSTIFY">“…<span style="font-size: small;"><em>Nella scelta del partner intervengono anche fattori legati a indicatori di fertilità, risorse, capacità e disponibilità a fornire cure parentali. Gli studi condotti dallo psicologo Davendra Singh, ad esempio, dimostrano che quasi universalmente gli uomini preferiscono le donne con la classica forma a &lt;&lt; clessidra &gt;&gt;, caratterizzata da un rapporto vita/fianchi di 0,67. La ragione adattativa di questa preferenza può essere il fatto che, come si è scoperto, questo rapporto è un buon indice di fertilità.</em>”</span></p>
<p align="JUSTIFY"> <span style="font-size: small;">Le famose misure “perfette” 90–60–90 delle attrici e delle donne più belle rispecchiano molto bene questa caratteristica, il rapporto 90/60 è uguale a 1,50 che è una buona approssimazione di 1,618. La sezione aurea porterebbe le misure a 97–60–97 presumibilmente ancora più belle (97 <span style="font-family: Symbol,serif;">/</span>60 <span style="font-family: Symbol,serif;">=</span> 1,618). Un “disastro” invece apparirebbe, agli occhi dei più, il perfetto contrario 60–97–60, o anche 60–90–60.</span></p>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Le altre proporzioni auree che nella donna sono importanti per la bellezza le ritroviamo nel volto. Di seguito è illustrata una famosa immagine di volto femminile in cui le sezioni auree sono davvero abbondanti.</span></p>
<div id="attachment_1573" class="wp-caption aligncenter" style="width: 310px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/viso1.png"><img class="size-medium wp-image-1573" title="viso" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/viso1-300x282.png" alt="" width="300" height="282" /></a><p class="wp-caption-text">Volto di donna considerato da molti “bellissimo”</p></div>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Provando a dividere le misure indicate con le lettere maiuscole della figura con le rispettive misure indicate con la lettera minuscola (A/a, B/b, C/c, …) otteniamo sempre un valore prossimo alla sezione aurea.</span></p>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"> <span style="font-size: small;">Come numero aureo, anche il rapporto tra statura e altezza dell’ombelico sembra essere molto diffuso. Nella ricerca della sezione aurea è noto un esperimento in cui a diverse coppie si chiedeva al marito di misurare la statura della moglie, e di dividere tale valore per l&#8217;altezza dell&#8217;ombelico. Il risultato <span style="font-size: small;">dell’esperimento mostrò che il valore si avvicinava a 1,618 per tutte le coppie che hanno partecipato all’esperimento. Lo stesso rapporto si misura anche negli uomini e inoltre si ritiene che la posizione corrispondente all&#8217;ombelico sia il baricentro del corpo.</span></span></p>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Altri famosi rapporti aurei presenti nel corpo umano sono:</span></p>
<ul>
<li>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Lunghezza del braccio e distanza gomito-mano;</span></p>
</li>
</ul>
<ul>
<li>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Distanza anca-malleolo (gamba) e distanza anca-ginocchio</span></p>
</li>
<li>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Rapporto delle falangi dell’anulare e del medio della mano;</span></p>
</li>
<li><span style="font-size: small;">Distanza spalle-ombelico e distanza spalle-fronte</span></li>
</ul>
<div id="attachment_1566" class="wp-caption aligncenter" style="width: 253px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/aureo.png"><img class="size-full wp-image-1566" title="aureo" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/aureo.png" alt="" width="243" height="283" /></a><p class="wp-caption-text">Principali rapporti aurei nell&#39;uomo</p></div>
<p>&nbsp;</p>
<div id="attachment_1567" class="wp-caption aligncenter" style="width: 310px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/dita.png"><img class="size-medium wp-image-1567" title="dita" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/dita-300x81.png" alt="" width="300" height="81" /></a><p class="wp-caption-text">Misura delle falangi del dito medio</p></div>
<p>&nbsp;</p>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">La sezione aurea nel corpo umano, oltre ad essere apprezzata in maniera istintiva, è un fatto conosciuto da moltissimi secoli, tanto da essere una linea guida nelle rappresentazioni artistiche del corpo umano.</span></p>
<p lang="it-IT" align="JUSTIFY"> <span style="font-size: small;">Ad oggi, le massime rappresentazioni artistiche di perfezione del corpo umano sono per la donna la “Nascita di Venere” di Sandro Botticelli e per l’uomo la rappresentazione a matita di Leonardo Da Vinci raffigurante ”L’uomo Vitruviano”.</span></p>
<div id="attachment_1576" class="wp-caption aligncenter" style="width: 310px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/botticelli.png"><img class="size-medium wp-image-1576" title="botticelli" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/botticelli-300x192.png" alt="" width="300" height="192" /></a><p class="wp-caption-text">Nascita di Venere, Sandro Botticelli</p></div>
<div id="attachment_1577" class="wp-caption aligncenter" style="width: 277px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/leonardo.png"><img class="size-medium wp-image-1577" title="leonardo" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/leonardo-267x300.png" alt="" width="267" height="300" /></a><p class="wp-caption-text">Uomo Vitruviano, Leonardo da Vinci</p></div>
<p style="text-align: center;" lang="it-IT" align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;"><span style="text-decoration: underline;"><strong>Fisiologia Aurea</strong></span></span></p>
<p align="JUSTIFY"> “<span style="font-size: small;"><em>Davvero la cosiddetta SEZIONE AUREA non finisce mai di stupire.</em>”, con questa frase viene introdotto un interessantissimo articolo dal titolo “<strong>Anche la pressione sanguigna ideale, che assicura longevità, corrisponde al rapporto della sezione aurea.</strong>”. (<em>I più interessati possono trovare materiale <a href="http://www.telegraph.co.uk/health/healthnews/6790529/Human-heart-follows-the-golden-ratio-for-beauty.html">qui</a> e <a href="http://www.bmj.com/content/339/bmj.b4745.full">qui</a>, NdE)</em><br />
</span></p>
<p align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Infatti, sembra proprio così … È piuttosto recente la notizia che una <a href="http://www.i-med.ac.at/">serissima università austriaca</a> ha compiuto uno studio che dimostrerebbe che vive molto più a lungo chi, nella misura della pressione arteriosa sistemica, ha un rapporto tra pressione sistolica (massima) e pressione diastolica (minima) pari a 1,618.</span></p>
<p align="JUSTIFY"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/pressione%C3%B9.png"><img class="aligncenter size-medium wp-image-1580" title="pressioneù" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/11/pressione%C3%B9-300x197.png" alt="" width="300" height="197" /></a></p>
<p align="JUSTIFY"><span style="font-size: small;">Insomma, per intenderci, sta un gran bene chi fa 74 di minima e 120 di massima oppure chi fa 77 di minima e 125 di massima. Guarda caso il loro rapporto è proprio quel numerino che corrisponde alle proporzioni dell’uomo leonardesco e alle ricerche che, dai pitagorici in poi, hanno portato sino alla dottrina degli gnostici del Rinascimento.</span></p>
<p>&nbsp;</p>
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		<title>Le Magie del Black Lotus</title>
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		<pubDate>Wed, 19 Oct 2011 01:39:15 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Luca</dc:creator>
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			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify"><span style="color: #333399">Tanto tempo fa mi imbattei in un libro eccezionale, l&#8217;autore e&#8217; figlio di un premio nobel per la fisica e, come capita a molti americani, questo condivide col padre non solo il cognome ma anche il nome. Il dialogo che segue vuole essere un tributo ai dialoghi del libro dove, per la prima volta, leggo di Achille e la Tartaruga discutere piacevolmente di arti visive, musica e matematica.</span></p>
<div>
<div style="text-align: justify">Achille e la Tartaruga passeggiano per l’orto botanico.</div>
<div style="text-align: justify">A &#8211; Sono molto contento che lei mi abbia invitato per questa passeggiata: tutte queste piante mi infondono una gran pace; ci voleva proprio, piacevole come ascoltare in sua compagnia una fuga di Bach.<br />
T &#8211; Il piacere e’ mio Achille. Conversare con lei e’ sempre cosi’ stimolante&#8230;</div>
<div style="text-align: justify">
<p>Nel dire questo si avvicinano allo stagno dei loti.</p>
<p>A &#8211; Guardi come sono belli questi loti Signora T! Resto affascinato nell’osservare come questi fiori cosi’ puri crescano in acque cosi’ torbide; com’e’ mai possibile?<br />
T &#8211; La sua e’ una domanda tutt’altro che banale e piu’ d’uno studioso s’e’ rotto il capo cercando di comprendere appieno l’Effetto Loto! Si tratta di un fenomeno di idrorepellenza per cui le gocce d’acqua rotolano sulla superficie del loto portandosi via la sporcizia e lasciando il loto asciutto e pulito.<br />
A &#8211; Ah! Sembra una cosa cosi’ complicata: idrorepellenza! Eppure lo so cos’e’. Vuol forse dire che la superficie del loto e’ oleosa come lo sono, ad esempio, le piume dei cigni? Anche loro restano candidi come i loti, pure bazzicando in acque altrettanto sporche.<br />
T &#8211; Ecco Achille, l’esempio e’ piuttosto pertinente e, ancora una volta, devo congratularmi con lei. Pero’ c’e’ una differenza notevole fra i due fenomeni: infatti l’idrorepellenza del loto deriva da questioni geometriche.<br />
A &#8211; Non posso davvero crederlo signora T! Perfino nell’orto botanico ci ritroviamo a parlare di Euclide?<br />
T &#8211; Eheheh! Mi lasci raccontare Achille, questi studi sono successivi ad Euclide di molti secoli: le sto parlando di “Sull’equilibrio di sostanze eterogenee”, un lavoro monumentale per la chimica-fisica in cui, fra l’altro, si introduce il concetto di tensione superficiale che serve, appunto, a spiegare l’Effetto Loto. Pensi, Achille, che l’autore di questo trattato e’ nato lo stesso secolo in cui e’ morto Tchaikovsky, ed in queste due date decine ed unita’ sono invertite fra loro.<br />
A &#8211; Ah, so bene di chi parla! Si tratta di un connazionale di Ray Charles e, guardi un po’, anche le loro date di nascita e morte sono legate dalla stessa regola! Signora T. lei sta parlando di Josiah Willard Gibbs, non e’ vero?<br />
T &#8211; Esattamente!<br />
A &#8211; Le devo confessare che piu’ d’una volta avrei desiderato avventurarmi nel lavoro di Gibbs, proprio perche’ strabiliato dagli effetti visibili della tensione superficiale&#8230; Ecco! Guradi proprio qui nello stagno dei loti un piccolo insetto che cammina comodamente sulla superficie dell’acqua. Non dipende forse dalla tensione superficiale?<br />
T &#8211; Esattamente!<br />
A &#8211; I fenomeni di capillarita’ per cui, ad esempio, l’acqua viene risucchiata all’interno di una spugna, non dipendono anch’essi dalla tensione superficiale?<br />
T &#8211; Esattamente!<br />
A &#8211; La possibilita’ di realizzare superfici minime grazie all’acqua saponata non dipende anch’essa dalla tensione superficiale?<br />
T &#8211; Esattamente!<br />
A &#8211; Non posso che ripetermi: strabiliante.<br />
T &#8211; Carissimo Achille, ormai conosce bene quanto me il mio artista preferito, M.C. Escher, dunque stavolta vorrei introdurla a Helaman Ferguson. Uno scultore, un artista, anzi un Algorista! Quando torneremo a casa le mostrero’ alcune foto delle sue opere: sa che nel 1999 ha realizzato una superficie minima partendo da un blocco di ghiaccio di venti tonnellate?<br />
A &#8211; Strabiliante!</p>
</div>
<div style="text-align: justify"><img src="https://lh3.googleusercontent.com/uEQtVIEEtb3VpsyAj-pZERmn_7gUkzk5YUqhUCTTpc7n1FwPKUg62pYhNwIP4ayjWyGtNN79emp0HqJbBKsEvdyiJ8Qsvpn6Cs36YVAOHye4CEPEFQ" alt="" width="284" height="203" /></div>
<div style="text-align: justify">T &#8211; Il dettaglio ancor piu’ stupefacente e’ che mentre le sculture in ghiaccio, sciogliendosi, perdono rapidamente la loro forma originale, le sculture di superfici minime mantengono la stessa geometria fino a quando non si sciolgono completamente.<br />
A &#8211; Strabiliante! Signora T, non mi tenga sulle spine! Come puo’ una sola proprieta’ fisica generare effetti cosi’ disparati?<br />
T &#8211; Lei mi chiede di riassumerle un trattato di oltre 300 pagine! Vede quella goccia che proprio ora rotola via dal loto? Bene Achille, come potrebbe valutare la sua energia?<br />
A &#8211; C’e’ l’energia legata alla sua massa, l’energia cinetica e l’energia potenziale&#8230;<br />
T &#8211; Esatto. Ma esistono altri tipi di energia: quello che interessa a noi e’ di tipo chimico-fisico. Le molecole d’acqua sono attratte le une dalle altre, non solo per via delle loro masse, ma soprattutto per via delle loro cariche elettriche. Quelle all’interno della goccia non subiscono alcuna attrazione essendo spinte ugualmente in tutte le direzioni, ma quelle sulla superficie sono attratte verso l’interno. Questo genera la tensione superficiale.<br />
A &#8211; Ah! Credo di capire quello che vuole dire: se un drappello di soldati viene accerchiato da forze soverchianti ci si dispone in modo da presentarsi vulnerabili quanto meno e’ possibile&#8230;<br />
T &#8211; In questo caso i soldati sono spinti, le molecole della goccia sono tirate; i soldati si dispongono solo in due dimensioni, le molecole d’acqua in tre. Eppure si’ e’ una forte analogia. Mi dica Achille, in che posizione si disporranno i suoi soldati? A falange?<br />
A &#8211; Se fossero ben addestrati, forse! Molto piu’ probabilmente si disporranno a disco in modo da minimizzare la superficie di contatto&#8230; Oh! Signora T! Forse ho capito! Siccome la sfera e’ il solido con minore superficie a parita’ di volume ecco che una goccia preferisce questa superficie minima, esatto?<br />
T &#8211; Complimenti Achille. Ma le superfici minime dell’acqua saponata non contengono alcun volume d’acqua, come la mettiamo?</div>
<div>
<div style="text-align: justify">A &#8211; Signora T, lei vuole trarmi in inganno: questo vale per i soldati che vogliono proteggersi l’un l’altro, ma non per l’acqua. L’acqua saponata crea lamine sottilissime e flessibilissime che possono minimizzare, ad esempio,<em> l’area della superficie che ha come bordo due circonferenze nello spazio, poste su piani paralleli, ed allineate in modo che il segmento che congiunge i centri delle due circonferenze risulti perpendicolare ad entrambi i piani su cui giacciono le due circonferenze.</em><br />
T &#8211; Com’e’ rigoroso Achille! Mi ha appena citato il problema capostipite riguardo alle superfici minime! Sa che anche della catenoide ho delle splendide immagini? Realizzazioni in acqua saponata, ovviamente&#8230;</div>
<div style="text-align: justify"><img src="https://lh6.googleusercontent.com/EdhIL0FzC8XwwBlLJerPiliC2syGBjrBr6d0gvLYn2YxUXXW3cTiRCcWMQPzNM0QU2RIkxUCvB81me87y7e2f-z5CoWS8_lD7WtnU4IJn0Ht3BRgvQ" alt="" width="250" height="211" /></div>
<div style="text-align: justify">A &#8211; Dunque ecco spiegate le superfici minime, ma i fenomeni di capillarita’?<br />
T &#8211; Dobbiamo rivedere con maggiore dettaglio l’idea che ci samo fatti della tensione superficiale. Supponiamo, Achille, che il drappello di cui parlava non e’ propriamente circondato, piuttosto si trovi con le spalle al muro.<br />
A &#8211; Ahi ahi ahi Signora T! Vorrei proprio sapere chi comanda il drappello: evitare di trovarsi spalle al muro e’ uno dei consigli piu’ elementari. Eppure a ben pensarci, forse e’ meglio che essere circondati: vuole dirmi che la tensione superficiale non dipende solo dal liquido ma anche dall’ambiente?<br />
T &#8211; Complimenti Achille, intuitivo come sempre! Il valori delle tensioni superficiali dipendono dal liquido e dagli elementi con cui e’ in contatto. Generalmente vi sono due superifici e due tensioni superficiali: una fra l’aria e la goccia, una fra la goccia e la superficie solida su cui e’ poggiata. Se la superficie e’ idrofila, una goccia d’acqua puo’ minimizzare la sua energia avendo una superficie di contatto maggiore con questa.</div>
<div style="text-align: justify">
<p>Proprio in quel momento Achille e la Tartaruga osservano delle ninfee.</p>
<p>A &#8211; Non capisco. Se la superficie d’appoggio aumenta, non aumenta anche la superfice libera, quella a contatto con l’aria?<br />
T &#8211; Mio caro Achille, lei si fa distrarre da cio’ che vede. Questo e’ certamente vero se la superfice d’appoggio e’ un piano, ma che cosa pensa accadrebbe se la superficie fosse un tubo?<br />
A &#8211; Ah! Allora l’acqua potrebbe risalire nel tubo senza aumentare la superfice libera!<br />
T &#8211; Questo e’ solo un primo rozzo approccio: nei fenomeni di capillarita’ sono coinvolti anche altri fattori, primo fra tutti possibili differenze di pressione.<br />
A &#8211; Eppure, per quanto non sia esaustivo, lascia ben intuire quanto il concetto di tensione superficiale risulti versatile. La tensione superficiale aria-acqua e’ responsabile dei fenomeni legati alle superfici minime: questo perche’ l’acqua a contatto con l’aria puo’ assumere qualunque forma. La competizione fra le tensioni superficiali aria-acqua sostrato-acqua, in determinate condizioni geometriche, e’ co-responsabile dei fenomeni di capillarita’. Mi sembra che ci avviciniamo alla soluzione dell’Effetto Loto, vero Signora T? Suppongo che condizioni geometriche molto specifiche possano scoraggiare l’acqua dall’adesione al sostrato. Se fosse cosi’ ogni gocciolina d’acqua sarebbe una sfera pressocche’ perfetta.<br />
T &#8211; Esattamente Achille. E’ quello che succede: ogni goccia rotola via dal loto come una palla su una collina; rotolando raccoglie e porta via con se’ la sporcizia.<br />
A &#8211; Sono davvero stupefatto! Eppure non riesco ancora ad immaginare che genere di forma possa causare un simile effetto: avra’ a che fare con la sottile “peluria” del loto, ma come?</p>
</div>
<div style="text-align: justify"><img src="https://lh4.googleusercontent.com/b0fTlcUv8iCfdjXnHF7ckz8dZzERLvnBSYVxsr09lFD8dDGxK8nk4Yc8iImm4xni6tQSsPVgCiloLZ9JtDEDtz8CrIUHJ-8wvOkCdi9viU45XeQXZg" alt="" width="263" height="197" /></div>
<div style="text-align: justify">T &#8211; Achille, lei e’ capace di trovare similitudini cosi’ suggestive e poi se ne scorda nel momento del bisogno! Cosa accadrebbe al suo manipolo se avessero alle spalle, piuttosto che un muro, delle lame affilate?<br />
A &#8211; Ora capisco! A livello microscopico il loto e’ estremamente frastagliato e se l’acqua vi aderisse avrebbe una superficie di contatto enorme, molto maggiore di quella apparente.<br />
T &#8211; Ecco dunque spiegato il problema&#8230; Ed eccone un’altro piu’, piccolo ed insidioso, che lotta per venire a galla!</div>
<div style="text-align: justify">
<p>Achille, intanto, si imbatte in una tela di ragno e ne osserva affascinato le gocce d’aqcua.</p>
</div>
<div><img src="https://lh3.googleusercontent.com/2KVMwqblTDp9jo2SGlJhhB0OejS4mFJbxmX3aLYyhl-LPSxrG9WffHY7cc5LCdpzDO0NVFvlKwP1S1maI5VApYpGFsRZybM1DkOdUvIkihqJEUVQpw" alt="" width="402" height="284" /></p>
<p style="text-align: justify">A &#8211; &#8230;Signora T, ha notato che alcune goccioline sono inanellate al filo esattamente lungo il loro diametro, mentre altre non lo sono? Che sia il peso l’unica differenza?<br />
T &#8211; Venga Achille, ne parleremo tornando a casa&#8230;</p>
</div>
</div>
</div>
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		<title>Gli amanti degli estremi</title>
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		<pubDate>Wed, 12 Oct 2011 06:15:08 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Manuel</dc:creator>
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			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/10/189948_197156123651646_172935979406994_591438_2224677_n.jpg"><img class="alignleft size-full wp-image-1508" title="189948_197156123651646_172935979406994_591438_2224677_n" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/10/189948_197156123651646_172935979406994_591438_2224677_n.jpg" alt="" width="161" height="169" /></a>Questo articolo è stato scritto per la V edizione del Carnevale della Biodiversità, ospitato dal blog <a href="http://theropoda.blogspot.com/">Theropoda</a> di Andrea Cau!. Il titolo di questa edizione è AI CONFINI DELLA REALTÀ: NICCHIE ESTREME.<br />
Chi di voi, alla domanda &#8220;Chi sono i veri dominatori di questo pianeta?&#8221;, risponderebbe: &#8220;l&#8217;uomo&#8221;? Spero nessuno. I più accorti risponderebbero &#8220;Gli insetti&#8221;, ma solo quelli veramente informati risponderebbero con l&#8217;unica opzione veramente sensata: &#8220;I microrganismi&#8221;. I microrganismi sono forme di vita unicellulari, ma poichè esistono sia unicellulari eucarioti sia procarioti, a scanso di equivoci, io mi riferirò solo ai procarioti. I primi fossili di cellule procarioti (<a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Stromatoliti">le stromatoliti</a>) sono piccole cellule bastoncellari risalenti a 3.5 miliardi di anni fa.<br />
Ovviamente nessuno dei <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Procariota">procarioti</a> attuali può essere considerato paragonabile ai loro progenitori fossili, ma il fatto è che sopravvivono da tre miliardi e mezzo di anni sempre mantenendo la stessa struttura unicellulare; se questo non significa avere avuto successo, non saprei cos&#8217;altro potrebbe volerlo dire.<br />
I procarioti sono cellule molto più semplici e piccole rispetto alla più piccola cellula eucariote. I procarioti sono comunemente noti come batteri, ma bisogna fare una distinzione importante, i procarioti si dividono in due domini filogeneticamente distinti: <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Bacteria">Bacteria</a> e <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Archaea">Archea</a>. Da un punto di vista evolutivo si ritiene che le cellule eucarioti abbiano un antenato comune più vicino con gli Archea che non con i Bacteria. Per semplicità sia archea che bacteria verranno generalmente definiti come batteri o procarioti, ma specificherò quando parlerò degli uni e quando degli altri.<br />
Attualmente i procarioti hanno colonizzato praticamente ogni ambiente (dalle profondità abissali, alle acque termali, alle solfatare, al vostro intestino) e questo è dovuto principalmente a due caratteristiche:</p>
<p style="text-align: justify;">1)      Grande capacità di adattarsi a condizioni ambientali estreme, condizioni a cui nessun altro organismo potrebbe sopravvivere (o per lo meno quasi).</p>
<p style="text-align: justify;">2)      Capacità di produrre energia da innumerevoli fonti non utilizzate da altri organismi.</p>
<p style="text-align: justify;">Un&#8217;altra caratteristica dei microrganismi è quella di adattarsi rapidamente a nuove condizioni ambientali, basti pensare alla moltiplicazione di ceppi batterici resistenti agli antibiotici in neanche un secolo.<br />
Tutti i microrganismi in grado di crescere in ambienti estremi vengono chiamati con grande fantasia estremofili. In questo articolo è mia intenzione occuparmi di alcuni di essi.<br />
Sicuramente tra gli ambienti più ostili alla vita ci sono quelli cosiddetti ipersalini, quelli in cui ci sono concentrazioni di sali (o degli ioni da essi derivati, in particolar modo Cloruro di Sodio) molto alti. Rientrano tra questi ambienti le saline, il grande lago salato e il mar morto. Per essere ipersalino un ambiente deve avere concentrazioni saline tra 3M (3 moli/litro) fino a 5.5M (limite di saturazione del sale).</p>
<div id="attachment_1510" class="wp-caption aligncenter" style="width: 540px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/10/tabella.bmp"><img class="size-full wp-image-1510" title="tabella" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/10/tabella.bmp" alt="" width="530" height="200" /></a><p class="wp-caption-text">itchfield Carol, “Survival Strategies for microorganisms in hypersaline environments and their relevance to life in early mars” Meteoritics and Planetary Science 1998</p></div>
<p style="text-align: justify;">Con un&#8217;elevata concentrazione di sali nell&#8217;ambiente extracellulare l&#8217;acqua tende a fuoriuscire dalle cellule, facendole disidratare.<br />
I microrganismi che riescono a crescere in condizioni di elevata salinità si chiamano alofili. Distinguiamo i microrganismi alotolleranti, che possono crescere sia in assenza di sale che in concentrazioni fino a 4M, e in alofili estremi che non crescono in ambienti con concentrazioni minori di 1.5-2.0M. Devo sottolineare come anche alcuni eucarioti unicellulari (in particolare l&#8217;alga verde <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Dunaliella_salina"><em>Dunaliella salina</em></a>) sono in grado di crescere in queste condizioni.<br />
Come potete vedere dalla tabella, oltre alla salinità c’è da tener conto anche del pH, che in molti casi è estremamente alcalino.</p>
<p style="text-align: justify;">In questi ambienti possono vivere e proliferare molte specie di batteri e di archea. Tra i batteri menzioniamo i <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Purple_bacteria">Batteri Purpurei</a> fototrofi (generi <em>Halorhodospira, Ectothiorhodospira</em>). La loro caratteristica principale è quella di effettuare una fotosintesi anossigenica, ovvero produrre energia utilizzando le radiazioni solari, senza produrre ossigeno (perché nella fotosintesi ossigenica viene utilizzata l’acqua come donatore di elettroni producendo ossigeno, mentre nei batteri purpurei viene utilizzato solfuro di idrogeno, tiosolfato, o altre molecole inorganiche). Possiedono  numerosi pigmenti fotosintetici come le batterioclorofille e carotenoidi che spesso danno colorazioni caratteristiche agli ambienti in cui fioriscono.</p>
<div id="attachment_1512" class="wp-caption aligncenter" style="width: 299px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/10/francia2008-1111.jpg"><img class="size-full wp-image-1512" title="francia2008-1111" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/10/francia2008-1111.jpg" alt="" width="289" height="215" /></a><p class="wp-caption-text">Saline della Camargue, il colore rosa è dato dai pigmenti dei batteri iperalofili</p></div>
<p style="text-align: center;"><a href="http://www.biotecnologiepertutti.it/?p=1007">(Biotecnologie per tutti)</a></p>
<p style="text-align: justify;">Questi microrganismi fototorofi rendono possibile lo sviluppo di altri alofili eterotrofi, in particolare gli Archea appartenenti ai generi <em>Halobacterium, Natronobacterium e Natromonas. </em>La domanda è come fanno questi microrganismi a non disidratarsi? Gli alofili estremi hanno la particolarità di accumulare soluti (in particolare K) al loro interno, infatti, grazie a particolari sistemi di trasporto ionico presenti sulle loro membrane, espellono il sodio (che tende ad entrare, seguendo il suo gradiente elettrochimico) e accumulano potassio (che tende ad uscire); questi accumuli di soluti pareggiano o addirittura superano la concentrazione di sali nell’ambiente esterno, pareggiando il bilancio idrico o addirittura rendendolo positivo.</p>
<p style="text-align: justify;">L’altro caso di cui volevo parlare è quello dei termofili, in particolare gli ipertermofili la cui temperatura ottimale di crescita è superiore agli 80°C. I primi ipertermofili ad essere scoperti furono quelli presenti nelle sorgenti calde (hot springs) nel parco di Yellowstone.</p>
<div id="attachment_1513" class="wp-caption aligncenter" style="width: 386px"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/10/yst_hotpool_520x420.jpg"><img class="size-full wp-image-1513" title="yst_hotpool_520x420" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/10/yst_hotpool_520x420.jpg" alt="" width="376" height="303" /></a><p class="wp-caption-text">Emerald Pool, una sorgente calda nel parco nazionale di Yellowstone, anche qui i colori sono dati da batteri ipertermofiliYellowstone National Park</p></div>
<p style="text-align: center;"><a href="http://dsc.discovery.com/convergence/supervolcano/under/zooms/zoom_06.html">Link</a></p>
<p style="text-align: justify;">Le acque di molte sorgenti termali possono raggiungere temperature vicine ai 100°C, la domanda è come fanno i sistemi cellulari a resistere a tali temperature. A livello cellulare, il calore è in grado di far denaturare le proteine, che in questo modo perdono la loro funzionalità. Le proteine dei microrganismi ipertermofili, rispetto alle stesse dei microrganismi che vivono a temperature normali, hanno alcuni amminoacidi diversi e sono in grado di resistere e funzionare ottimamente a queste temperature senza denaturarsi (anzi, smettono di funzionare a temperature più basse). Anche le membrane sono specializzate e resistono alle alte temperature, e al posto degli acidi grassi (fosfolipidi) hanno una membrana costituita da idrocarburi estremamente lunghi che formano non un bilayer, come ci si aspetterebbe per una membrana, bensì un monolayer, rendendola così più termostabile. Tra i Bacteria, possiamo menzionare il genere <em>Acquifex</em> (e contiene i microrganismi più termofili di tutti i Bacteria); Le specie di questo genere utilizzano molecole inorganiche come fonte di energia, il particolare ossidano Idrogeno (H2), Zolfo (S) e possono essere aerobi, ma solitamente tollerano concentrazioni molto basse di ossigeno. La loro temperatura ottimale è di 85°C. I maggiori ipertermofili sono pero degli Archea, alcuni generi del phylum dei Crenarchaeota (trovati in solfatare, fumarole nere, acque termali) e degli Euryarchaeota. Anche in questo caso, questi microrganismi possono servirsi di zolfo e solfuri come fonte di elettroni per il loro metabolismo (in particolare quelli che vivono nelle solfatare) mentre altri si servono dello zolfo come accettore finale degli elettroni: mentre tutti gli organismi aerobi, noi compresi, utilizziamo l’ossigeno come accettore finale degli elettroni sottratti alle molecole organiche durante il metabolismo, molti microrganismi si servono dello zolfo riducendolo a acido solfidrico; ma non è un caso, zolfo e ossigeno sono nello stesso gruppo sulla tavola periodica (colonna) perché hanno propietà molto simili!</p>
<p style="text-align: justify;">Un altro genere interessante è <em>Methanopyrus, </em>che è caratterizzato dall’avere specie metano gene in grado cioè di produrre metano: 4H2 + CO2 -&gt; CH4 + H2O, in questo caso l’accettore di elettroni è l’anidride carbonica, mentre il donatore è l’idrogeno, entrambi molto abbondanti negli habitat in cui si trovano questi microrganismi: fumarole nere alle profondità di 2000 metri e a temperature di 110°C (<em>Methanopyrus kandleri</em>).</p>
<p style="text-align: justify;">Abbiamo visto, quindi come svariati generi e numerosissime specie di microrganismi abbiano colonizzato ambienti estremamente proibitivi, da sottolineare comunque come i microrganismi non possono essere considerati come forma di vita primitive, perché nulla hanno a che vedere con quelli presenti miliardi di anni fa, ma questi stessi microrganismi dimostrano come non è necessario avere un grande cervello o il pollice opponibile per colonizzare il globo.</p>
<p>BIBLIOGRAFIA:</p>
<p>Madigan Michael T., Martinko John M. “Brock. Biologia dei microrganismi”</p>
<p>Litchfield Carol, “Survival Strategies for microorganisms in hypersaline environments and their relevance to life in early mars” Meteoritics and Planetary Science 1998</p>
<p style="text-align: justify;">Kurr, M., Huber, R., Konig, H., Jannasch, H.W., Fricke, H., Trincone, A., Kristjansson, J.K., and Stetter, K.O. &#8220;Methanopyrus kandleri, gen. and sp. nov. represents a novel group of hyperthermophilic methanogens, growing at 110°C.&#8221; Arch. Microbiol. (1991)</p>
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		<title>Notte dei Ricercatori 23 settembre 2011</title>
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		<pubDate>Thu, 15 Sep 2011 21:11:22 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Vittoria Sacchetto</dc:creator>
				<category><![CDATA[dendrite]]></category>

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		<description><![CDATA[Quando il numero è perfetto: arriva la 6° edizione della Notte dei Ricercatori Anche quest&#8217;anno la Notte dei Ricercatori torna in Piemonte grazie al lavoro di squadra dello storico partenariato promotore, guidato per questa edizione da Agorà Scienza (capofila) e composto da: CentroScienza Onlus, Università degli Studi di Torino, Politecnico di Torino, Università degli Studi [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;">Quando il numero è perfetto:<br />
arriva la 6° edizione della Notte dei Ricercatori</p>
<p style="text-align: justify;">Anche quest&#8217;anno la Notte dei Ricercatori torna in Piemonte grazie al lavoro di squadra dello storico partenariato promotore, guidato per questa edizione da Agorà Scienza (capofila) e composto da: CentroScienza Onlus, Università degli Studi di Torino, Politecnico di Torino, Università degli Studi del Piemonte Orientale Amedeo Avogadro, Università degli Studi di Scienze Gastronomiche, Creativa.</p>
<p style="text-align: justify;">L&#8217;iniziativa promossa e co-finanziata dalla Commissione Europea, all&#8217;interno del Settimo Programma Quadro di Ricerca e Sviluppo Tecnologico (VII PQ), nata per sensibilizzare il grande pubblico al tema della ricerca scientifica e alla figura del ricercatore, si svolgerà il 23 settembre 2011 contemporaneamente in più di 300 città europee di 32 Paesi, tra cui 44 città italiane.</p>
<p style="text-align: justify;">La Notte dei Ricercatori 2011 in Piemonte è all&#8217;insegna del LINKeRS &#8211; LINKs between Researchers and Society.<br />
L&#8217;obiettivo è quello di avvicinare il grande pubblico alla figura del ricercatore, dimostrando che &#8220;il ricercatore è una persona normale che fa cose eccezionali&#8221;, contribuendo ad accrescere nei cittadini la consapevolezza dell&#8217;importanza della ricerca scientifica nello sviluppo della società.</p>
<p style="text-align: justify;">Le città coinvolte per questa edizione sono: Torino, Alessandria, Biella, Cuneo, Novara, Verbania e Vercelli.</p>
<p style="text-align: justify;">Stay tuned e scopri le novità dei programmi e delle attività di ogni città!</p>
<p>ALESSANDRIA<br />
Per informazioni sull&#8217;evento di Alessandria: <a href="mailto:alessandria@nottedeiricercatori.it">alessandria@nottedeiricercatori.it</a></p>
<p><a href="http://www.nottedeiricercatori.it/piemonte/index.htm">http://www.nottedeiricercatori.it/piemonte/index.htm</a>
<a href='http://www.bottigliedileida.net/2011/09/notte-dei-ricercatori-23-settembre-2011/cattura/' title='Cattura'><img width="150" height="150" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/Cattura-150x150.png" class="attachment-thumbnail" alt="Cattura" title="Cattura" /></a>
<a href='http://www.bottigliedileida.net/2011/09/notte-dei-ricercatori-23-settembre-2011/ricercat-2/' title='ricercat 2'><img width="150" height="150" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/ricercat-2-150x150.png" class="attachment-thumbnail" alt="ricercat 2" title="ricercat 2" /></a>
</p>
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		<title>Arti fantasma e numeri colorati</title>
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		<pubDate>Thu, 15 Sep 2011 15:15:05 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Manuel</dc:creator>
				<category><![CDATA[dendrite]]></category>
		<category><![CDATA[area visiva]]></category>
		<category><![CDATA[Arto fantasma]]></category>
		<category><![CDATA[Cervello]]></category>
		<category><![CDATA[corteccia cerebrale]]></category>
		<category><![CDATA[corteccia somatosensoriale]]></category>
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		<category><![CDATA[emisferi cerebrali]]></category>
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		<category><![CDATA[midollo spinale]]></category>
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		<description><![CDATA[Ho notato che in quasi sessanta articoli non ho mai parlato (con un&#8217;eccezione) di neuroscienze; devo questa mancanza ad una mia parziale ignoranza in merito, ignoranza alla quale, con molta fatica, ho posto qualche riparo, per cui eccomi qui. Voglio parlarvi di due fenomeni estremamente interessanti e discuterne le cause. Capita molto spesso che a [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;">Ho notato che in quasi sessanta articoli non ho mai parlato (con un&#8217;eccezione) di neuroscienze; devo questa mancanza ad una mia parziale ignoranza in merito, ignoranza alla quale, con molta fatica, ho posto qualche riparo, per cui eccomi qui. Voglio parlarvi di due fenomeni estremamente interessanti e discuterne le cause. Capita molto spesso che a persone a cui venga amputato un arto, o parte di esso, capiti ancora di sentire l&#8217;arto mancante. Questo fenomeno abbastanza conosciuto è noto come arto fantasma, ed a prima vista è assolutamente bizzarro (e spesso doloroso). Come è possibile che una parte del corpo mancante mandi ancora segnali nervosi al sistema nervoso centrale? Sembra una contraddizione! In realtà la risposta risiede nell&#8217;anatomia del sistema nervoso centrale, nella quale ci addentreremo pian piano.<br />
Il Sistema Nervoso Centrale è costituito da encefalo e midollo spinale, che sono parte della stessa struttura che durante lo sviluppo embrionale si chiama <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Tubo_neurale">tubo neurale</a> (essendo un tubo, è cavo al suo interno, e questa cavità persiste anche nel SNC dell&#8217;adulto, con i quattro ventricoli encefalici e il canale centrale del midollo spinale). Mentre però il midollo spinale mantiene grossomodo una struttura tubulare, l&#8217;encefalo è enormemente sviluppato e rigonfiato. Il Midollo spinale è contenuto all&#8217;interno del <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Intervertebral_foramina">canale vertebrale</a>, costituito come potrete facilmente dedurre dalle vertebre. Il Midollo spinale ha quindi una posizione mediana tra metà destra e sinistra del corpo, ed ha una posizione dorsale. Dal midollo spinale si dipartono numerose paia di nervi spinali (un nervo per la metà sinistra e uno per la metà destra). I nervi spinali sono delle strutture rivestite, e sono costituite da veri e propri fasci di assoni il cui corpo cellulare è situato nel midollo. Ciascun nervo spinale è un nervo misto, cioè ha sia <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Motoneurone">assoni motori</a>, che vanno ad eccitare i muscoli per farli contrarre, sia assoni sensitivi, che innervano il nostro organismo (muscoli, cute, visceri) e ci danno la sensibilità (quella che chiamiamo sensibilità somatica, del nostro corpo, e sensibilità propriocettiva che è una sensibilità non cosciente sullo stato dei nostri muscoli e tendini). Gli assoni sensitivi partono da neuroni il cui corpo cellulare (o soma) risiede in appositi gangli molto vicini al midollo spinale, tra una vertebra e l&#8217;altra. Questi neuroni, che vengono chiamati sensitivi primari, sono particolari perchè hanno un corpo cellulare localizzato in questo ganglio, e invece di avere dei normali dendriti e un normale assone, presentano un unico processo a T (vengono chiamati neuroni pseudounipolari):</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/unipolar.gif"><img class="aligncenter size-full wp-image-1466" title="unipolar" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/unipolar.gif" alt="" width="359" height="99" /></a>Come vedete questo processo a T è funzionale al loro ruolo di &#8220;percepire&#8221; stimoli (tattili, dolorosi, termici) in periferia con un&#8217;estremità del processo, attivare un potenziale di azione (o impulso elettrico) che viaggia a ritroso (rispetto alla direzione dell&#8217;impulso di un neurone motore, che dal centro va in periferia) fino all&#8217;estremità opposta. L&#8217;estremità opposta è &#8220;inserita&#8221; nel midollo spinale&#8221; dove ci sono neuroni sensitivi di secondo ordine che vengono attivati da questo potenziale d&#8217;azione. I neuroni sensitivi spinali attivati sono dei neuroni come normalmente li immaginiamo, ovvero hanno un corpo cellulare, un albero dendritico, e un assone diametralmente opposto. Ricevono l&#8217;impulso sui loro dendriti e attivano un potenziale d&#8217;azione che corre lungo l&#8217;assone in direzione ascendente, ovvero dal midollo spinale verso l&#8217;encefalo. Questa via spinale termina nell&#8217;encefalo, dove attraverso altri neuroni cambia metà (oltrepassa la lina mediana che divide in due metà speculari il nostro SNC), contatta il Talamo, e dal Talamo arriva alla corteccia (dell&#8217;emisfero della metà opposta del corpo dove lo stimolo si è originato). La corteccia è una struttura straordinaria. Rappresenta lo strato più esterno e più sviluppato dei due emisferi cerebrali, quello che viene volgarmente detto &#8220;materia grigia&#8221; ed è costituita da miliardi (si stima sui 50) di neuroni.  La corteccia ha subito nei mammiferi e nei primati uno sviluppo enorme dell&#8217;estensione, ed è tanto estesa che è ripiegata su se stessa ed è per questo che ha assunto quell&#8217;aspetto tipico con solchi e circonvolluzioni (questo ha permesso un&#8217;aumento della superficie senza un corrispettivo aumento del volume; ricordo che in biologia il rapporto volume/superficie di solito non deve mai essere troppo elevato).</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/brain-top-view-4300.jpg"><img class="aligncenter size-full wp-image-1481" title="brain-top-view-4300" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/brain-top-view-4300.jpg" alt="" width="196" height="231" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">Vedete ora un encefalo dall&#8217;alto, come se apriste la calotta cranica di una persona (ma vi invito a non farlo, potreste ucciderla), e osservaste il cervello dall&#8217;alto, intero (in anatomia spessissimo si fanno delle sezioni di organo per osservarne l&#8217;interno). Vedete benissimo come sia diviso in due emisferi da una scissura che corre longitudinalmente (scissura longitudinale), e che questi emisferi hanno dei solchi e delle altre scissure. Quella che vedete è quindi la corteccia cerebrale, la nostra parte del cervello più sviluppata. La corteccia è divisibile in lobi, che anche se si tratta di strutture dai confini arbitrari, rispondono abbastanza bene alle esigenze anatomiche:</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/Lobi.jpg"><img class="aligncenter size-full wp-image-1482" title="Lobi" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/Lobi.jpg" alt="" width="296" height="210" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">Se operiamo una sezione coronale (perpendicolare alla scissura longitudinale) otteniamo questo:</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/coronal-section1.jpg"><img class="aligncenter size-full wp-image-1483" title="coronal section" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/coronal-section1.jpg" alt="" width="296" height="224" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">I due emisferi sono ancora distinguibili. Notiamo inoltre come la corteccia, sia solo lo strato più esterno (grigio) degli emisferi, ma come sia comunque sviluppata ed estesa. Sotto la corteccia (la parte in giallo) c&#8217;è la mteria bianca, ovvero fasci di assoni che mettono in comunicazione varie parti del SNC tra loro (particolarmente degni di nota sono le fibre commessurali, ovvero quelle fibre che passano da un emisfero all&#8217;altro formando il <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Corpo_calloso#Corpo_calloso">corpo calloso</a>). Notate in oltre come i due emisferi presentino due cavità, i ventricoli laterali (lateral ventricle),al di sopra dei quali si trova il corpo calloso che mette in comunicazione i due emisferi. I due ventrucoli laterali confluiscono, attraverso i fori interventricolari del Monro nel terzo ventricolo ai fianchi del quale si sviluppa <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Talamo">il talamo</a> (il talamo è un nucleo pari, ovvero uno per ogni emisfero) che è la stazione dove tutte le percezioni (tattili, dolorifiche, visive, uditive e olfattive) &#8220;sostano&#8221; prima di venire mandate alla corteccia dove verranno elaborate. Tutte quelle senzazioni che non percepiamo (come ad esempio i vestiti che abbiamo addosso) è perchè sono filtrate dal talamo e non sono inviate alla corteccia (poi c&#8217;è anche un discorso di adattamento dei recettori cutanei, ma non aggiungiamo altra carne al fuoco). Il talamo, con altri nuclei (come il caudato, e il lentiforme) costituisce il Diencefalo, la parte del cervello che è la base dei due emisferi e dai queli è completamente ricoperto (i due emisferi formano il telencefalo). Il Diencefalo poggia infine sul tronco cerebrale, costituito da diversi nuclei importantissimi per le funzioni vitali come la respirazione, battito cardiaco, sonno/veglia, è la parte più fondamentale e arcaica del cervello, e restringendosi sempre di più esce dal cranio e diventa midollo spinale. Ma torniamo alla corteccia. I neuroni che formano la corteccia sono stratificati (da tre a sei strati), ma le unità operative non sono a strati, ma a colonne che attraversono gli strati. Questi moduli sono attivati da segnali specifici (provenienti dal &#8220;basso&#8221;, da aree dello stesso emisfero, o dall&#8217;emisfero opposto). La corteccia è responsabile dell&#8217;elaborazione delle informazioni, e in genere delle funzioni superiori (linguaggio, riconoscimento ecc..). La corteccia ha aree specializzate per questo tipo di funzioni. Ha un&#8217;area deputata all&#8217;elaborazione delle immagini visive, una per le informazioni uditive, e così via. Sono state individuate 47 aree corticali. Tra queste c&#8217;è anche l&#8217;area somatosensitiva o somestetica indicata in viola:</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/motor-somato.jpg"><img class="aligncenter size-full wp-image-1485" title="motor somato" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/09/motor-somato.jpg" alt="" width="282" height="215" /></a>La corteccia somestetica (lobo parietale) viene raggiunta da tutte le informazioni sensitive coscienti che arrivano dai nervi periferici (seguendo quel percorso che ho illustrato prima). Bisogna anche sottolineare come in molti casi, e questo è uno di quelli, l&#8217;area somatosensitiva dell&#8217;emisfero sinistro riceve informazioni dalla parte destra del corpo e viceversa, questo perchè come ho detto prima, gli assoni che dal midollo spinale portano gli impulsi verso l&#8217;encefalo terminano all&#8217;inizio del cervello, e passano il testimone ad un altro gruppo di neuroni (che formano due nuclei, il <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Gracile_nucleus">gracile</a> e il <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Cuneate_nucleus">cuneato</a>), i quali come si dice in gergo decussano, e vanno a finire nel talamo dell&#8217;emisfero opposto, dal talamo quindi passano alla corteccia dove queste informazioni vengono elaborate, e noi effettivamente sentiamo, ad esempio, una mano che ci sfiora, e le mie dita sentono i tasti mentre sto scrivendo questo post. Una cosa molto interessante, è che questa corteccia sensitiva ha un&#8217;organizzazione che rispecchia le varie parti del corpo, c&#8217;è quindi una zona, in quest&#8217;area, che è deputata alle senzazioni arrivanti dalla mano, un&#8217;altra da quelle della lingua, del torso e così via. Ha un&#8217;organizzazione somato-topica. Ma, ad esempio, la zona corrispondente alla mano è molto più sviluppata rispetto a quella del piede, o del busto, questo determina una sensibilità maggiore alle mani rispetto ai piedi (con le mani scriviamo, cuciamo, suoniamo strumenti, riconosciamo). E&#8217; stato così costruito un <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Cortical_homunculus">homunculus</a>, che ha le zone del corpo di dimensioni proporzionali all&#8217;area dedicata nella corteccia. Ora finalmente, vi accorgerete che questa digressione serviva a portarci all&#8217;argomento principale: l&#8217;arto fantasma. Come è possibile che venga sentito un pezzo di corpo che non c&#8217;è più? Se non c&#8217;è più, le terminazioni nervose non ci sono più, questo impedisce alla corteccia somatosensitiva di elaborare alcuno stimolo, e noi non dovremmo sentire più nulla. Invece non è così. Infatti, una delle principali caratteristiche della nostra corteccia è che è plastica, capita a volte che funzioni di aree danneggiate (ad esempio da ictus) vengano assunte col tempo da altre aree circostanti, recuperando le funzioni perdute. In questo caso è stato dimostrato che le aree corticali corrispondenti all&#8217;arto tagliato, non ricevendo più stimoli propri, vengono spesso accese da altri stimoli, che non c&#8217;entrano nulla con la parte del corpo in questione, è come se diventassero più ricettive. Questo determina la sensazione (spesso dolorosa) proveniente dall&#8217;arto sparito, in realtà è la nostra corteccia che sente senza essere debitamente stimolata. A volte accade che se a queste persone viene sfiorata un&#8217;altra parte del corpo, essi sentano come se si stesse toccando la parte mancante. Questo può accadere quando aree della corteccia somatosensitiva  vicine a quella dell&#8217;arto mancante le mandino delle informazioni collaterali, per cui può capitare che una persona a cui è stata amputata la mano sinistra, senta sensazioni alla mano fantasma quando le viene sfiorata la guancia sinistra (nella corteccia l&#8217;area del viso è confinante con quella della mano), in questo caso c&#8217;è stata una sovrapposizione di aree, quella della guancia è andata a sovrapporsi a quella della mano.<br />
Una sovrapposizione simile è evidente anche in un&#8217;altra sindrome molto curiosa, la sinestesia. La sinestesia è meglio nota come figura retorica, che come sindrome, ed è quel modo di dire tipico delle poesie in cui si associano due concetti appartenenti a due sfere sensoriali diverse, così secondo Quasimodo l&#8217;urlo delle madri che vedono i propri figli uccisi è nero: una sensazione uditiva viene descritta con un attributo visivo, il nero (cfr alle fronde dei salici). La sinestesia neurologica si fonda sullo stesso concetto, sono sinestetiche quelle persone che associano sensazioni differenti. Il caso più semplice è quello delle persone che vedono i numeri colorati.. nel senso associano un colore a ciascun numero. Io quando penso al quattro penso al quattro, non al verde. Nonostante questo se vedo un quattro verde  sono in grado di dividere queste due cose quattro (numero) e verde (colore). Alcuni sinestetici invece associano il colore ai numeri sempre, per cui se in un insieme di numeri neri, c&#8217;è un numero (sempre nero) che ripetuto forma ua figura particolare, un sinestetico la individuerà subito, perchè assocerà ai numeri colori diversi, mentre noi ci mettiamo sicuramente di più. In questo caso la risposta è da cercare nell&#8217;area visiva dove il modulo del riconoscimento del simbolo dei numeri è estremamente vicino a quello dei colori e talvolta (geneticamente) è possibile una sovrapposizione delle parti. Ma ci sono casi più complessi, come quelli che ad esempio sentono le note colorate, o associano gusti alle parole. Molto spesso il fenomeno avviene in un solo senso, per cui uno sento un do giallo, ma non è detto che se vedo il giallo sento un do. Questo è dovuto ad un maggior numero di collegamenti che da un&#8217;area specifica (mettiamo quella del suono) va a quella della visione o viceversa (da questo si può capire il motivo dell&#8217;unidirezionalità). Altri non reputano che sia dovuto ad un maggior numero di connessioni, ma al fatto che queste connessioni siano attive nei sinestetici e inattive negli altri. Il fenomeno è ovviamente complesso e in molti versi ancora incompreso.</p>
<p style="text-align: justify;">Spero di non avervi annoiato, e che la digressione dell&#8217;anatomia del nostro cervello, seppur parziale e con molte lacune, sia stato di vostro interesse, perchè mai come in questo caso la struttura si correla strettamente con la funzione, e in questo caso anche la posizione. Se volete leggere qualcosa a proposito consiglio due libri divulgativi del neuroscienziato indiano <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Vilayanur_S._Ramachandran">Ramachandran</a>, &#8220;Cosa sappiamo della mente&#8221; Mondadori, 2004 e &#8220;La donna che morì dal ridere&#8221; Mondadori, 1998. Ovviamente potete sempre consultare un testo di neuroanatomia, come ho fatto io per i dettagli, ma se non siete obbligati vi consiglio di evitare (esperienza personale). Se avete dubbi, notate errori, o avete domande usate i commenti! Alla prossima!</p>
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		<title>I geni Homeobox: perchè parlarne?</title>
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		<pubDate>Mon, 29 Aug 2011 14:32:01 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Manuel</dc:creator>
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		<description><![CDATA[Ci sono domande che accompagnano l&#8217;uomo dall&#8217;inizio della sua storia, domande come: perchè il cielo è azzurro? perchè la terra è rotonda? l&#8217;universo è davvero infinito? e perchè abbiamo una testa, un torace, due braccia, due gambe, due mani e due piedi? Chiunque abbia un numero diverso di elementi rispetto a quelli scritti non si [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;">Ci sono domande che accompagnano l&#8217;uomo dall&#8217;inizio della sua storia, domande come: perchè il cielo è azzurro? perchè la terra è rotonda? l&#8217;universo è davvero infinito? e perchè abbiamo una testa, un torace, due braccia, due gambe, due mani e due piedi? Chiunque abbia un numero diverso di elementi rispetto a quelli scritti non si preoccupi, avrà una risposta!<br />
Avrete notato senz&#8217;altro notato che ci potremmo virtualmente tagliare in due metà pressochè speculari tra loro, semplicemente seguendo un asse anteroposteriore: scopriremo che la maggiorparte del nostro organismo esterno e interno è simmetrico rispetto a questo asse (il fegato, ad esempio, sembra fare eccezione).<br />
Come immagino sappiate, ciascuno di noi si è formato fisicamente con lo sviluppo embrionale, durante il quale, da una singola cellula chiamata zigote, si forma un organismo pluricellulare, dotato di organi e tessuti ben differenziati (morfogenesi e organogenesi).<br />
Durante lo sviluppo embrionale non ci sono solo processi di crescita e proliferazione cellulare, ma processi di differenziamento istologico, morfogenesi e trasformazioni spaziali che portano appunto all&#8217;organogesi e alla determinazione dell&#8217;assetto del corpo lungo un asse antero-posteriore. la questione è complessa: ad esempio, tra un rene e l&#8217;altro, non ci sono differenze, sono pressochè identici. Questo significa che le cellule che hanno dato origine ai reni erano cellule identiche e che si sono disposte e strutturate in egual modo per dare origine all&#8217;organo; ma prendiamo ad esempio un braccio e una gamba, non ci sono differenze istologiche tra i due arti, ma ciò che cambia è la disposizione delle cellule. Ci deve essere qualcosa, oltre al processo di differenziamento, che determina l&#8217;assetto e la disposizione delle cellule e dei tessuti in un organo, in un arto, nell&#8217;organismo in generale.<br />
Esise una famiglia di geni che è responsabile della determinazione spaziale del nostro corpo, e di quello degli altri organismi e della loro specificazione (ovvero formazione di due braccia, due cambe, una testa ecc..). Lo studio di questi geni è iniziato in un modello biologico molto famoso, ovvero il moscerino della frutta. Diverse mutazioni che non interrompevano lo sviluppo embrionale, avevano effetti sulla disposizione delle diverse componenti dell&#8217;insetto, ad esempio in una mutazione chiamata Antennapaedia, il povero moscerino si ritrovava due arti al posto delle antenne. Questo dimostrava come dei geni in particolare potessero avere un ruolo organizzativo durante lo sviluppo embrionale. Questi geni sono stati chiamati geni Omeotici o Homeobox in inglese, e sono accumunati dall&#8217;avere un <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Dominio_proteico" target="_blank">dominio proteico</a> di 60 amminoacidi molto conservato nell&#8217;evoluzione, <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Homeodomain_fold" target="_blank">l&#8217;Homeobox domain</a> o l&#8217;omeodominio. Questo domnio è in grado di legare une specifica sequenza di DNA e di funzionare come <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Fattore_di_trascrizione" target="_blank">fattore di trascrizione</a> (<a href="http://www.bottigliedileida.net/2010/10/fattori-di-trascrizione-e-promotori-un-sistema-chiaveserratura/" target="_blank">Fattori di trascrizione e Promotori, un sistema chiave/serratura</a>), attivando o reprimendo numerosi altri geni. Sono stati scoperti 8 geni Homeobox (Hox per gli amici) nel moscerino della frutta e 39 nei mammiferi. Questi geni non sono sparsi casualmente per il genoma, ma sono anzi raggruppati in <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Gene_cluster" target="_blank">Clusters</a> (ovvero gruppi di geni ravvicinati) da A a D. Con la loro funzione i geni Hox controllano l&#8217;identità cellulare e la sua posizione lungo l&#8217;asse anteroposteriore dell&#8217;organismo. Il funzionamento di questi geni è strettamente regolato e questa regolazione è sia temporalmente che spazialmente determinata. Ad esempio i geni Hox collocati al 3&#8242; di ciascun cluster (quindi quelli al fondo del cluster stesso) sono attivati sempre prima di quelli al 5&#8242; (quindi quelli iniziali); oltre a questa distinzione temporale, c&#8217;è anche una distinzione spaziale: i geni collocati al 3&#8242; sono attivati prima e in zone anteriori dell&#8217;embrione, mentre i geni collocati al 5&#8242; sono attivati dopo e in zone posteriori. La distinzione spazio-temporale dell&#8217;attivazione è fondamentale per un corretto sviluppo dell&#8217;embrione.  Questa caratteristica viene chiamata Collinearità ed è essenzialmente dovuta a fattori epigenetici. L&#8217;epigenetica come ho già discusso, è quella serie di informazioni che provengono dalla modificazione covalente di DNA e <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Istoni">Istoni</a>. Gli istoni sono delle proteine essenzialmente basiche, che formano dei complessi chiamati <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Nucleosoma">nucleosomi</a> attorno ai quali si avvolge la doppia elica. Il modo con cui il DNA si avvolge attorno ai nucleosomi dipende da numerosi fattori, quelli che ne aumentano l&#8217;adesione (e quindi provocano la cosiddetta condensazione della <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Cromatina">cromatina</a>) fanno in modo di inibire l&#8217;espressione dei geni contenuti nella sequenza di DNA condensata, perchè più il DNA è condensato minore è la probabilità che  il complesso di trascrizione si leghi ai promotori dei geni e che questi vengano espressi. I fattori che invece diminuiscono lo stato di condensazione sono fattori che aumentano il livello di trascrizione per il motivo opposto. La capacità dei geni di essere espressi dipende dall&#8217;equilibrio tra fattori pro-condensazione (che silenziano)  e fattori anti-condensazione (che attivano), e il linguaggio che ha come alfabeto questi fattori prende il nome di epigenetica. La capacità dei geni Hox di essere espressi in maniera così finemente regolata è dovuta ad un attento switch epigenetico che vede decondensati prima i geni Hox al 3&#8242; del cluster di appartenenza nelle zone anteriori dell&#8217;embrione, e successivamente i geni Hox al 5&#8242; nelle zone posteriori. Il pattern di attivazione di questi geni Hox determina l&#8217;identità e la posizione delle cellule durante lo sviluppo embrionale.  Molto importante ad esempio è il pattern di espressione durante lo sviluppo dell&#8217;encefalo che porta alla formazione di un <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Prosencefalo">prosencefalo</a>, di un <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Mesencefalo">mesencefalo</a> e di un <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Romboencefalo">romboencefalo</a>, tutte e tre le parti si dispongono lungo un asse longitudinale e durante questo sviluppo si verificano numerosi cambiamenti epigenetici a livello dei loci Hox nelle cellule staminali progenitirici fino ad arrivare alle cellule completamente differenziate. Questi marcatori epigenetici hanno anche un ruolo fondamentale nella memoria cellulare che fa sì che una cellula, quando si divide, trasmette alle cellule figlie lo stato della cromatina che possedeva precedentemente alla divisione, in modo che la cellula figlia assuma le stesse caratteristiche della cellula madre.<br />
Possiamo infine immaginare cosa potrebbe succedere in caso di un&#8217;alterata espressione dei geni Hox durante l&#8217;embriogenesi. Le malformazioni degli arti inferiori e superiori, delle mani e dei piedi e delle rispettive dita sono spesso riconducibili ad alterazioni nel pattern di espressione dei geni Hox (ad esempio una mutazione nei geni appartenendti al Cluster HoxD sembrano essere correlate con malformazioni degli arti e nel tratto uro-genitale). Spesso l&#8217;esposizione del feto in via di sviluppo ad alcune sostenze (dette <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Teratology">teratogene</a>) porta alla comparsa di malformazioni, sembra che queste sostanze interferiscano non il funziamento dei geni Hox o delle relative proteine. Diversi tumori (soprattutto infantili), inoltre, sono stati associati ai geni Hox.<br />
Una ultima considerazione. Come ho detto, i primi studi sulla capacità di organizzare la simmetria corporea sono stati fatti su un insetto, quindi un invertebrato. Da questo modello poi si è iniziato a studiare una serie di altri organismi, uomo compreso, dimostrando che questi geni omeotici sono presenti particamente in tutti gli animali e non solo (anche nelle piante ad esempio).  Questo significa che poichè in natura esistono forme di vita con piani di simmetria molto diversi: pensiamo ad un riccio di mare od a una stella marina e pensiamo a un topo, i primi due hanno una simmetria raggiata, un topo ha una simmetria bilaterale (come noi), ma non è solo questione di simmetrie, prendiamo ad esempio gli arti negli invertebrati passiamo da sei arti per gli insetti, a otto per gli aracnidi, mentre per i vertebrati abbiamo una minore variabilità (in genere quattro arti che possono essere successivamente modificati o perduti). E&#8217; chiaro che per avere questa variabilità di simmetria e strutture corporee è stato necessario modificare l&#8217;attivazione dei geni Hox. Poichè esistono delle mutazioni inattivanti a livello di questi geni che rendono la struttura dell&#8221;organismo colpito più semplice rispetto all&#8217;originale, e qualche volta simile a eventuali antenati ancestrali, si potrebbe inferire che le acquisizioni corporee siano state ottenute aumentando di complessità il pool dei geni Hox (e questo potrebbe essere convalidato dall&#8217;evidenza che il numero dei cluster nei vertebrati segue quasi esattamente il numero di duplicazioni genomiche), ma questo pone un problema, se immaginiamo un modello di evoluzione a piccoli step andiamo incontro alla formazioni di veri e propri mostri che non saranno tollerati dalla selezione naturale. Io non sono un biologo evoluzionista, e non ho idea di cosa gli esperti pensino al riguardo. Spero di aver stimolato la vostra curiosità ed il vostro interesse per un argomento che è estremamente complicato e affascinante. Se avete domande siete invitati a farle, anche se non vi assicuro che sappia la risposta! Alla prossima.</p>
<p style="text-align: justify;">Bibliografia:<br />
&#8220;Embriologia&#8221; di Barbieri M e Carinci P.<br />
<em>Benjamin A. Barber, Mojgan Rastegar</em>, &#8220;<strong>Epigenetic control of Hox genes during neurogenesis, development, and disease</strong>&#8220;;  <em>Annals of Anatomy 192 (2010)</em>.<br />
<em>Micheal Akam</em>, &#8220;<strong>Hox genes, homeosis and the evolution of segment identity: no need for hopeless monsters</strong>&#8220;; <em>Int. J. Dev. Biol. 42 (1998)</em><br />
<em>Shigehiro Kuraku</em>, &#8220;<strong>Hox Gene Clusters of Early Vertebrates: Do They Serve as Reliable Markers for Genome Evolution?</strong>&#8221; <em>Genomics Proteomics Bioinformatics (2011)</em></p>
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		<title>Unweaving Rainbows: ottica e geometria dell&#8217;arcobaleno</title>
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		<pubDate>Mon, 22 Aug 2011 13:30:42 +0000</pubDate>
		<dc:creator>Alice</dc:creator>
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		<description><![CDATA[L&#8217;arcobaleno è uno dei fenomeni ottico-atmosferici più conosciuti e scientificamente rappresenta una meraviglia perchè spiegandolo permette di entrare in contatto con molti comportamenti della luce spesso studiati in modo indipendente. Anzitutto, dall&#8217;esperienza, cosa sappiamo sull&#8217;arcobaleno? Lo vediamo quando piove, ma  solo se allo stesso tempo alcuni raggi di Sole arrivano fino a noi senza attraversare [...]]]></description>
			<content:encoded><![CDATA[<p style="text-align: justify;">L&#8217;arcobaleno è uno dei fenomeni ottico-atmosferici più conosciuti e scientificamente rappresenta una meraviglia perchè spiegandolo permette di entrare in contatto con molti comportamenti della luce spesso studiati in modo indipendente. Anzitutto, dall&#8217;esperienza, cosa sappiamo sull&#8217;arcobaleno? Lo vediamo quando piove, ma  solo se allo stesso tempo alcuni raggi di Sole arrivano fino a noi senza attraversare le nuvole. Vedremo che questea osservazione molto semplice ha le sue ragioni ottiche e per giungere a tali conclusioni, cominciamo a capire cosa accade alla luce all&#8217;interno di una goccia di pioggia.</p>
<p style="text-align: justify;"><img class="aligncenter size-medium wp-image-1421" title="drawing" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/drawing1-300x222.gif" alt="" width="300" height="222" />In figura è possibile vedere una rappresentazione geometrica di parte del nostro problema, che trattiamo con le approssimazioni e le leggi dell&#8217;<a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Ottica_geometrica">ottica geometrica</a>. Assumendo che la luce si propaghi in linea retta possiamo vedere il raggio incidente in alto a sinistra arrivare all&#8217;interfaccia tra aria e acqua: parte di questa luce viene<a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Riflessione_%28fisica%29"> riflessa</a> (ma per il momento non ce ne curiamo) e parte viene <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Rifrazione">rifratta</a> all&#8217;interno della goccia. Nella trasmissione tra un mezzo e un&#8217;altro l&#8217;angolo del raggio con la <a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Normale_%28superficie%29">normale alla superficie</a> cambia in base al rapporto tra gli<a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Indice_di_rifrazione"> indici di rifrazione </a>da α a β. All&#8217;interno della goccia la luce viene trasmessa finchè non incontra un&#8217;altra interfaccia nel punto B dove viene nuovamente parzialmente rifratta e parzialmente riflessa. Questa volta ci concentriamo sulla componente riflessa, che secondo le leggi dell&#8217;ottica geometrica mantiene un angolo di β e si ritrasmette fino a C dove la componente che ci interessa (per ora) è quella trasmessa. L&#8217;angolo di deviazione del raggio uscente da quello incidente in A si può calcolare con le leggi citate sopra e con un po&#8217; di geometria: δ=180°-2α+4β.</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/The-Reasons-why-we-can-see-the-rainbow1.gif"><img class="aligncenter size-medium wp-image-1426" title="The Reasons why we can see the rainbow1" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/The-Reasons-why-we-can-see-the-rainbow1-300x158.gif" alt="" width="300" height="158" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">Un&#8217;osservazione importante è che δ non può avere qualsiasi valore (ricordiamo che la luce può colpire la goccia con molti angoli diversi) , ma (si può trovare derivando l&#8217;espressione o provando a mettere molti valori) presenta un valore minimo pari a un angolo di 137°-138°. Ciò significa che la luce che verrà complessivamente riflessa dalla goccia sarà tutta raccolta in un cono (anche perchè la goccia è simmetrica) di circa 42° di apertura. Questo risultato si può verificare osservando un arcobaleno con attenzione: l&#8217;interno dell&#8217;arco è sempre più luminoso dell&#8217;esterno.</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/Supernumerary_rainbow_03_contrast.jpg"><img class="aligncenter size-medium wp-image-1428" title="Supernumerary_rainbow_03_contrast" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/Supernumerary_rainbow_03_contrast-300x252.jpg" alt="" width="248" height="208" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">In realtà con questo viaggio nella goccia di pioggia non si sono spiegati gli aspetti più salienti ovvero la forma e i colori. Cominciamo da questi ultimi: come probabilmente tutti sapete la luce bianca incidente, proveniente dal Sole, contiene già tutti i colori dello<a href="http://it.wikipedia.org/wiki/Spettro_visibile"> spettro</a>. La goccia si comporta come un prisma, scomponendoli in un fenomeno detto <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Dispersion_%28optics%29">dispersione</a>. Questo comportamento della luce è legato al fatto che gli indici di rifrazione, che determinano gli angoli con cui viene rifratto il raggio, sono diversi per ogni  frequenza ovvero per ogni colore della luce. La principale conseguenza è quindi che ogni componente dello spettro avrà un cono di apertura leggermente diversa (la differenza è di pochi gradi °): all&#8217;interno di tutti i coni (nel volume che è intersezione di tutti i coni) rivedremo luce bianca, ma per angoli di apertura maggiore solo alcuni colori potranno essere &#8220;riflessi&#8221;.</p>
<p style="text-align: center;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/RTEmagicC_Rainbows-cones.png.png"><img class="size-medium wp-image-1432 aligncenter" title="RTEmagicC_Rainbows-cones.png" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/RTEmagicC_Rainbows-cones.png-300x214.png" alt="" width="250" height="178" /></a></p>
<p style="text-align: center;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/RTEmagicC_Rainbows-many-cones.png.png"><img class="size-full wp-image-1433 aligncenter" title="RTEmagicC_Rainbows-many-cones.png" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/RTEmagicC_Rainbows-many-cones.png.png" alt="" width="274" height="179" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">Da queste figure (tratte da <a href="http://www.thenakedscientists.com/HTML/content/kitchenscience/exp/diy-rainbow/">questo interessante sito</a>) si dovrebbe avere un&#8217;idea intuitiva di cosa siano questi coni e come facciamo a vederli. In particolare modo dalla seconda immagine si capisce il motivo per cui la forma è quella di un arco e per cui per vedere un arcobaleno non basta una sola goccia d&#8217;acqua. Infatti, a seconda dell&#8217;angolo tra l&#8217;osservatore e la luce incidente dal Sole avremo una trasmissione fino all&#8217;occhio di luce bianca, di un determinato colore (a seconda del cono in cui si trova l&#8217;angolo) o nessuna luce (in realtà vediamo della luce diffusa, ma non quel raggio in particolare).</p>
<p style="text-align: center;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/800px-Double-Rainbow.jpg"><img class="size-medium wp-image-1437 aligncenter" title="800px-Double-Rainbow" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/800px-Double-Rainbow-300x145.jpg" alt="" width="300" height="145" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">A questo punto, compreso il meccanismo di base, ci si possono porre problemi più complicati, ad esempio: come funzionano gli arcobaleni doppi? Se ritornate alla prima immagine, in cui si è studiato il percorso del raggio di luce all&#8217;interno della goccia d&#8217;acqua, ricorderete che in corrispondenza del punto C abbiamo trascurato la luce che veniva ulteriormente riflessa nell&#8217;acqua e ci siamo concentrati su ciò che viene rifratto. Se però ammettiamo che ci sia un&#8217;altra riflessione in C e studiamo gli angoli come fatto in precedenza si può scoprire che questa riflessione porta alla formazione di un secondo arco, i cui colori sono invertiti.</p>
<p style="text-align: justify;"><a href="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/a14.gif"><img class="aligncenter size-medium wp-image-1438" title="a14" src="http://www.bottigliedileida.net/wp-content/uploads/2011/08/a14-300x271.gif" alt="" width="300" height="271" /></a></p>
<p style="text-align: justify;">L&#8217;inversione dei colori riguarda anche le aree in cui la luce può arrivare o meno: l&#8217;area tra i due archi non riceve luce da nessuno dei due fenomeni perciò rimane più scura (si vede anche piuttosto bene dalle immagini) con la formazione delle cosiddette <em><a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Alexander%27s_band">bande di Alessandro</a>. </em>Calcolando gli angoli ammessi si può inoltre osservare che è più largo rispetto a quello principale e osservando che la riflessione in C è meno probabile che la rifrazione l&#8217;arco secondario è meno intenso.</p>
<p style="text-align: justify;">Insomma, come potete intuire a questo punto non c&#8217;è più limite alla vostra curiosità e creatività. L&#8217;ordine degli arcobaleni non si ferma infatti a 2, ma si tratta di<a href="http://www.atoptics.co.uk/rainbows/ord56.htm"> archi sempre più flebili </a>. Non finisce qui: si può parlare di <a href="http://www.atoptics.co.uk/rainbows/twin1.htm">arcobaleni gemelli</a>, studiare la <a href="http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/hbase/atmos/rbowpol.html">polarizzazione della luce degli arcobaleni</a>, osservare arcobaleni lunari (chi lo dice che la luce debba venire dal Sole?) e così via&#8230;</p>
<p style="text-align: justify;">Per chi volesse approfondire consiglio caldamento un <a href="http://video.google.com/videoplay?docid=-2978729867097229598">video del MIT </a>(in inglese) a cui mi sono pesantemente ispirata nella scrittura di questo post che approfondisce anche il discorso sulla polarizzazione. Un <a href="http://www.atoptics.co.uk/">ottimo riferimento</a> ricco di immagini e spunti per tutta l&#8217;ottica atmosferica merita sicuramente la vostra visita. Un <a href="http://hyperphysics.phy-astr.gsu.edu/hbase/atmos/atmoscon.html#c1">altro sito</a> di ottica atmosferica con qualche spiegazione in più.</p>
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