ricombinazione genetica

You are currently browsing articles tagged ricombinazione genetica.

Finalmente sono tornato! Non ero morto nel frattempo. Il mio ultimo Post risale a più di un mese fa, è ora che io mi decida a scrivere il prossimo. Se non altro sono avvantaggiato, so già di cosa parlerà. Il mio ultimo post riguardava L’immunosorveglianza e l’immunoterapia come possibile arma nella battaglia contro il cancro. E mi era stata fatta una domanda, e ringrazio chi me l’ha fatta, riguardante il funzionamento del sistema immunitario, in particolare: “qual è l’origine della diversificazione del sistema immunitario?”. Il fulcro della discussione sarà incentrato quindi sulle cellule dell’immunità specifica:
I Linfociti B e i Linfociti T. Essi provengono da uno stesso precursore staminale, chiamato precursore Linfoide, che attraverso delle divisioni cellulari, darà origine a delle cellule che man mano si differenzieranno o in B o in T.
I Linfociti B ricordo che sono le cellule che producono gli anticorpi, mentre i Linfociti T hanno molte funzioni, tra cui regolare la risposta immunitaria, riconoscere cellule infette ed eliminarle, ecc…
I primi completano il loro differenziamento nel midollo osseo (B sta per Bone marrow, midollo osseo appunto) i secondi nel Timo. All’inizio quindi, non c’è differenza, poi man mano che i cloni si differenziano, prendono una strada piuttosto che un’altra. Ovviamente, come potrete capire, si tratta di un aut aut.
Durante il processo di maturazione verranno espressi i geni che codificano per il recettore dei linfociti B (BCR) e il recettore dei linfociti T (TCR). Questi due recettori sono i responsabili della specificità e della diversificazione del sistema immunitario. Ciascun recettore di ciascun linfocita è specifico per uno e uno solo antigene, e questa specificità è dovuta alla diversità del sito di legame del recettore con l’antigene.
A questo punto sorge spontanea una domanda. Se i geni del recettore per l’antigene sono uguali per ogni clone linfocitario di un organismo, come si genera questa diversità recettoriale? Qui entra in gioco un processo fondamentale, che pochissimi tipi cellulari sono in grado di eseguire,la Ricombinazione Genetica. Ho già scritto un post in merito alla ricombinazione: Knok Out. Ne cito alcuni passaggi per rinfrescare la memoria.

“È un processo che prevede lo scambio di due o più segmenti genici. Può avvenire all’interno dello stesso cromosoma o avvenire tra due cromosomi diversi. La ricombinazione è uno dei meccanismi attraverso il quale si forma la variabilità genetica. Uno dei più importanti eventi di ricombinazione avviene durante la meiosi (quando cioè i progenitori delle cellule germinali si dividono dando origine ai gameti); in questo caso viene anche chiamata crossing over ed è il meccanismo con il quale segmenti di DNA vengono scambiati tra due cromosomi omologhi. Questo è per creare gameti con un genotipo diverso da quello delle cellule di partenza.”

Oltre al crossing over, che avviene nei gameti, abbiamo la ricombinazione somatica che avviene nei linfociti. (somatica perché avviene in cellule somatiche e non germinali). Il meccanismo di base è lo stesso, cambia ovviamente il soggetto e il risultato. (tra l’altro, sempre nel post Knock out, spiego come è possibile usando la ricombinazione ottenere delle mappe cromosomiche dei geni, se vi interessa.. mi faccio anche la pubblicità).
Prendiamo come esempio il BCR. Il BCR è un recettore che appartiene alla famiglia delle Immunoglobuline, ovvero degli anticorpi. Anzi, esso stesso è un anticorpo, e la sua funzione è la stessa, ma a differenza di un anticorpo non viene liberato all’esterno, ma rimane fissato alla membrana cellulare. Quindi alla fine, gli anticorpi vengono sintetizzati a partire dagli stessi geni utilizzati per il recettore.
Per spiegare l’organizzazione dei geni del BCR, indispensabile per capire la ricombinazione somatica, faccio il percorso inverso, parto dalla proteina e arrivo al gene.
Come è fatto un BCR, e quindi un anticorpo? Sono delle proteine multimeriche, formate da più subunità proteiche, ciascuna codificata dal proprio gene. In particolare, sono costituiti da due catene proteiche pesanti, identiche tra loro associate. Ciascuna catena proteica pesante è a sua volta associata con una catena più leggera. In totale due catene pesanti, identiche, e due catene leggere, identiche. Sia le catene pesanti che quelle leggere sono divisibili in due sottoregioni, una variabile, ed una costante. L’associazione delle regioni variabili delle catene pesanti con quelle leggere formano la tasca di legame con l’antigene. Ciascun anticorpo avrà quindi due siti di legame identici per l’antigene perchè ci sono due coppie di catene pesanti e leggere. Per farvi un’idea potete dare un’occhiata a questo Link , che vi mostra, oltre alla struttura quaternaria della proteina (la prima immagine), anche uno schema più comprenibile della struttura dell’anticorpo.
Gli anticorpi possono inoltre essere di classi diverse (le classi si chiamano isotipi), ciascun isotipo si differenzia dall’altro per la porzione costante delle catene pesanti. Pertanto esistono gli anticorpi di classe A, D, E, G e M. Anche le catene leggere hanno due classi, K e λ. Tutto questo è molto mnemonico, ma necessario. Adesso arriva la parte divertente.
Esistono un gene che codifica per la catena K, uno per quella λ mentre tutte le catene pesanti sono codificate da un unico gene, o locus. Ciascuno di questi geni ha tre regioni, chiamate in ordine V, J e C. Il gene delle catene pesanti ha anche la regione D. Ciascuna regione, in ordine V, D, J e C contiene a sua volta delle sotto regioni, separate da DNA non codificante. Ad esempio il gene K leggo che ha circa 35 regioni V. Ciascun tratto V è diverso da tutti gli altri. Le regioni V(D) e J vanno a costituire la regione variabili delle catene, mentre la regione C quella costante.
La ricombinazione somatica cosa fa? Attraverso due enzimi RAG1 e RAG2 i cui geni vengono espressi solo durante la maturazione linfocitaria, vengono congiunte casualmente una regione V, una regione D ed una regione J, eliminando le sequenze interposte. Viene a crearsi una regione VDJ (o VJ per le catene leggere), che è praticamente unica nel suo genere, perché ottenuta mediante l’unione casuale dei segmenti genici V, D e J. Ci sono delle sequenze di riconoscimento per evitare che si giustappongano sequenze sbagliate. Inoltre la ricombinazione avviene soltanto su uno dei due alleli per ogni gene, in modo da evitare la sintesi di due recettori diversi. E se, ad esempio, viene ricombinato il gene λ, il gene K viene represso per evitare la sintesi di due catene leggere diverse.
Mentre per le catene leggere il discorso finisce qua, per le catene pesanti c’è ancora il discorso dell’isotipo. Il segmento genico unito VDJ viene trascritto dalla RNA polimerasi II in un RNA messaggero fino alle regioni C più prossimali. Abbiamo detto che la regione costante determina l’isotipo. Le regioni ci più prossimali sono quella M e quella D, quindi il primo isotipo che viene sintetizzato è di classe M o di classe D. entrambi gli isotipi possono venire espressi da una stessa cellula Avremo quindi una proteina formata da due catene pesanti identiche ricombinate, e da due catene leggere ricombinate anch’esse, o K o λ.
Tutti i Linfociti B, all’inizio, esprimono recettori di classe M e/o D sulla loro membrana. Quando una cellula B matura incontra per la prima volta il suo antigene specifico si attiva, e lo scopo dell’attivazione è quello di produrre anticorpi, che come ho detto, sono identici al BCR, solo che non sono inseriti nella membrana cellulare ma vengono rilasciati all’esterno. Durante l’attivazione il clone B va incontro a divisioni cellulari che porteranno alla formazione di due tipi di cellule: i cloni memoria e le plasmacellule. I primi rimangono silenti nell’organismo fino ad un successivo contatto con l’antigene, nel qual caso si riattivano e iniziano una nuova risposta immunitaria; le seconde hanno una vita limitata durante la quale producono grandi quantità di anticorpi. Durante l’attivazione è possibile che le plasmacellule vadano incontro allo scambio dell’isotipo della catena pesante, ovvero, attraverso un secondo evento di ricombinazione che porta alla congiunzione del segmento VDJ già ricombinato con un segmento C diverso da M o da D (A, E o G), eliminando tutto il segmento di DNA tra VDJ e il segmento C prescelto. Per cui, avremo una catena pesante che ha la stessa specificità per l’antigene, ma un diverso isotipo e quindi diverse proprietà. Una volta effettuato lo scambio dell’isotipo, quella plasmacellula non potrà più cambiarlo, e continuerà a sintetizzare anticorpi di quell’isotipo. Siccome le plasmacellule saranno molte, ci saranno scambi di isotipi diversi, e quindi avremo contro uno stesso antigene anticorpi con isotipi diversi.
Un discorso Analogo, anche se leggermente diverso vale per il recettore dei Linfociti T. Riassumo quindi i diversi processi che portano alla diversificazione dei BCR, e in modo analogo dei TCR:
1) Diversità combinatoria: La ricombinazione di n segmenti V, m segmenti D e x segmenti J in modo del tutto casuale.
2) Giustapposizione di un qualsiasi VDJ della catena pesante ed un qualsiasi VJ di una catena leggera
3) Non paghi di questo, durante la ricombinazione possiamo avere a livello delle giunzioni tra segmento V e il segmento D, e tra quest’ultimo e il segmento J l’aggiunta o la perdita casuale di alcuni nucleotidi. Cosicché se anche due BCR avessero lo stesso segmento VDJ non sarebbero comunque uguali.

La sintesi del BCR e del TCR è un processo centrale della maturazione linfocitaria. Se un clone non dovesse riuscire ad esprimere il suo recettore andrebbe incontro all’ Apoptosi. Inoltre, poichè le combinazioni sono casuali, possono uscire fuori delle combinazioni difettose, nel qual caso la cellula verrebbe comunque destinata all’apoptosi così come se il recettore risultasse specifico ad un antigene del self, in modo da evitare che il sistema immunitario si attivi contro l’organismo stesso (Tolleranza).

So che è stato un post lungo, difficile e magari anche noioso, ma spero di essere riuscito a trasmettere l’incredibile raffinatezza e complicatezza del processo. Se avete domande o se notate errori usate i commenti!

Alla prossima!

Tags: , , , , , , , , ,

Decisamente non siamo sul ring, ma in un laboratorio. Non ci sono due mastodontici contendenti pronti a darsele di santa ragione, ma un ricercatore e il suo stuolo di topi da laboratorio. Il Knock-Out (KO) è una tecnica sperimentale molto interessante e utile e permette di inattivare o sostituire singoli geni nei cromosomi con una precisione chirurgica.
Volete sapere che funzione abbia un gene in un particolare processo? Cosa c’è di meglio che toglierlo e vedere cosa succede? E’ possibile fare un knock out su singole cellule, ma è possibile anche creare degli organismi fatti e finiti (quando va bene) knock-out.
Per comprendere bene questa tecnica è necessario conoscere la ricombinazione e approfitto di questa occasione per parlarne un po’.
La ricombinazione è un processo che prevede lo scambio di due segmenti genici. Può avvenire all’interno dello stesso cromosoma o avvenire tra due cromosomi diversi. La ricombinazione è uno dei meccanismi attraverso il quale si forma la variabilità genetica. Uno dei più importanti eventi di ricombinazione avviene durante la meiosi (quando cioè i progenitori delle cellule germinali si dividono dando origine ai gameti); in questo caso viene anche chiamata crossing over ed è il meccanismo con il quale segmenti di DNA vengono scambiati tra due cromosomi omologhi. Questo è per creare gameti con un genotipo diverso da quello delle cellule di partenza. Ricombinazioni di questo tipo sono dette ricombinazioni omologhe, perchè sono omologhe le sequenze che si scambiano. Cosa vuol dire? Vuol dire che un allele del gene A sul cromosoma 10 paterno viene scambiato con l’altro allele (che potrebbe anche essere lo stesso) del gene A sul cromosoma 10 materno (ricordo che abbiamo due copie del nostro patrimonio genetico, uno di origine paterna e uno di origine materna). In questo modo è come avere due mazzi di carte e mischiarli ogni volta in modo diverso, otteniamo combinazioni diverse ogni volta. Esiste anche una ricombinazione non omologa, che prevede lo scambio tra due segmenti di DNA casuali.
Apro una digressione che esula un po’ dall’argomento principale, ma è decisamente interessante. La metto in corsivo così la potete saltare se volete, visto che non è indispensabile per capire il resto del post.

I primi importanti studi sulla ricombinazione genetica o crossing over vennero fatti all’inizio del secolo scorso da Morgan e colleghi. Loro lavoravano sui moscerini della frutta (Drosophila melanogaster) e fecero alcune fondamentali scoperte sulla frequenza di ricombinazione. La frequenza di ricombinazione è la frequenza con cui si verifica una ricombinazione tra due loci durante la meiosi e quindi la frequenza con cui si vengono a creare combinazioni di geni diverse da quelle di partenza. In parole povere la frequenza con cui due geni vengono separati durante la ricombinazione.
Per fare un esempio, due geni presenti su cromosomi diversi sono indipendenti l’uno dall’altro e vengono ereditati indipendentemente. Per cui due individui omozigoti con genotipo AABB e aabb (dove A e a e B e b sono due alleli rispettivamente del gene A e B localizzati su due cromosomi differenti) producono gameti AB e ab. Se li incrociamo avremo una progenie AaBb la quale a sua volta produrrà dei gameti AB, aB, Ab e ab con la frequenza del 25% ciascuno. Questo perchè i due geni sono indipendenti, vengono ereditati dalla progenie indipendentemente, per cui per calcolare le frequenze attese basterà usare la legge degli eventi indipendenti (la probabilità che si verifichi un evento A moltiplicata la probabilità che si verifichi un evento B). In questo caso la frequenza di ricombinazione è del 50% perchè su quattro combinazioni della progenie (AB, Ab, aB, ab) ben 2 su 4 sono diverse da quelle dei genitori di partenza (Ab e aB) e quindi nel 50% dei casi si è verificata la ricombinazione tra quei loci.
Se prendiamo due geni C e D localizzati sullo stesso cromosoma,potremmo non avere gli stessi risultati perchè se sono sufficientemente vicini possono essere ereditati in blocco e pertanto non siamo più nel caso degli eventi indipendenti. In questo caso la frequenza di ricombinazione sarebbe più bassa del 50%.
Questo ultimo punto sarà più chiaro tra poco. Bene, Morgan e colleghi osservarono che nei moscerini della frutta la frequenza di ricombinazione tra una coppia di geni rimaneva sempre costante durante tutte le generazioni e le frequenze di ricombinazione tra coppie di geni ogni volta diverse erano diverse tra loro. Questo voleva dire due cose: che la distanza tra due geni era sempre costante e che la frequenza di ricombinazione poteva essere usata come misura della distanza tra due geni.
Mi spiego meglio: più due geni sono vicini sullo stesso cromosoma, più la frequenza di ricombinazione sarà bassa (è meno probabile che quei geni vengano separati durante il crossing over e che diano origine a combinazione diverse, è più probabile che vengano ereditati insieme), più due geni sono distanti sullo stesso cromosoma più la frequenza di ricombinazione sarà alta, il caso estremo è quando i geni sono su due cromosomi diversi (è più probabile che quei due geni vengano separati). Per tornare al punto di prima, più due geni sono vicini maggiore è la possibilità che vengano ereditati in blocco e quindi le loro distribuzioni nella progenie non sono più eventi indipendenti.
Queste scoperte fecero venire in mente a Morgan di potere usare la frequenza di ricombinazione come misura della distanza tra due geni e in questo modo si iniziarono a fare mappe dettagliate sulla disposizione dei geni lungo i cromosomi. Viene ancora usata l’unità di misura del centimorgan che è la probabilità dell’1% che due loci vengano separati durante la ricombinazione ed equivale in media ad un milione di paia di basi.

Mi rendo conto che è stata una digressione lunga e forse non troppo semplice da capire, non era prevista nella mia idea originale di Post; è stata un’evoluzione spontanea :)… se non vi fosse chiaro  fate pure domande!

Ma ritorniamo al nostro punto principale, il Knock-out.  Per generare un animale Knock-out, quindi privati di un gene, è necessario fare diverse cose. D’ora in avanti darò per scontato che l’animale di cui si parla è il topo, che è quello che più frequentemente viene utilizzato.
Allora, per eliminare un gene è necessario prima di tutto preparare in laboratorio una versione dello stesso ma con un difetto che lo renda inattivo. Il modo più facile è introdurre all’interno del gene un altro gene che gli dia una qualche proprietà, come una resistenza ad un antibiotico in modo poi da poter effetturare una selezione positiva. Ai lati di questo costrutto si inseriscono due regioni omologhe a quelle del gene che devo sostituire per rendere possibile la ricombinazione omologa, per far sì che quel gene modificato si vada a sostituire al gene voluto e non in una regione casuale del genoma. Infine è buona norma inserire al di fuori delle sequenze di ricombinazione un gene letale per la selezione negativa. Per chiarire ho fatto un semplice schema (è ridicolo, lo so):

Legenda:

Rosso: costrutto
Blu: sequenze di ricombinazione
Giallo: gene originale
Verde: Gene per la resistenza agli antibiotici (selezione positiva)
Nero: gene letale (selezione negativa)

Questo costrutto viene inserito in diverse cellule staminali embrionali, prelevate da una blastocisti di topo, all’interno delle quali, se tutto va bene, avremo la ricombinazione del gene modificato con il gene originale e l’eliminazione di quest’ultimo. Alla fine il risultato sarà che, le cellule che hanno avuto la ricombinazione omolga saranno resistenti all’antibiotico, quelle che non hanno avuto la ricombinazione moriranno se esposte all’antibiotico e quelle che hanno avuto una ricombinazione casuale, hanno incorporato anche il gene letale e moriranno per questo. Con il gene per la selezione positiva e quello per la selezione negativa abbiamo quindi isolato le cellule che hanno avuto la ricombinazione omologa (approssimativamente 1 su 10 alla quarta)

Le cellule sopravvissute però sono eterozigoti, per chè la ricombinazione avviene solo su uno dei due alleli.
Queste cellule vengono fatte proliferare in vitro e vengono impiantate in un embrione di topo ricevente con alcune caratteristiche genetiche appositamente diverse, come ad esempio il colore del pelo. I topi che nasceranno saranno dei topi chimerici, con caratteristiche sia del ricevente, sia del donatore.
Quello che a questo punto si fa è incrociare un topo chimerico con un  topo albino  Si otterrà una progenie mista, distinguibile dal colore del pelo. I topi col pelo dello stesso colore del topo da cui si sono ricavate le cellule staminali che sono state modificate geneticamente saranno i topi Knock out. Ma sono eterozigoti, ricordate? A noi servono gli omozigoti. Quindi si incrociano due eterozigoti e si otterranno, tra gli altri, dei topi omozigoti per il gene Knock-out.
A volte, però, qualcosa va storto, e non abbiamo nessun animale Knock-out omozigote. E’ evidente che in questo caso, il gene che è stato tolto era fondamentale per l’animale e che quindi quelli privi di quel gene non sono sopravvissuti durante lo svliluppo embrionale. A volte non sopravvivono nemmeno gli eterozigoti.
Ci sono degli escamotage per ovviare a questo inconveniente, come i Knock-out condizionali. In questo caso è possibile far nascere e crescere i topi, e solo secondariamente inattivare il gene (cre-lox). E’ possibile fare anche un Kncok out tessuto specifico, ovvero inattivare il gene solo in un tessuto (sistema nervoso, miocardio, ecc ecc).

Come avete visto, a parte la digressione iniziale, fare un knock out non è così semplice. Gli imprevisti sono sempre alle porte e richiede anche abbastanza tempo (diverse generazioni di topo). Ma è assolutamente indispensabile per la comprensione di molti processi.
Finalmente (per voi) ho finito questo interminabile poema. Come sempre sono aperto alle critiche. Se notate errori ditemelo e se non capite chiedete! i commenti sono fatti per questo!

Un’ultima cosa, uno dei primi a sviluppare la tecnica del knock out è stato Mario Capecchi, un italiano premio nobel!!

Adios

Tags: , , , , , , ,