Commenti a: Confini e Territori

Di: Manuel

Manuel — Thu, 04 Mar 2010 12:56:48 +0000

difatti diverse reazioni non si rescono a riprodurre in vitro.. nel senso.. con una semplice provetta e aggiungendo i reagenti con gli enzimi.. soprattutto quelle in cui sono presenti diversi passaggi.. infatti si utilizzano preferibilmente linee cellulari!

Di: hronir

hronir — Wed, 03 Mar 2010 22:54:41 +0000

Ho ancora dubbi sull’ultima quesione: se l’ordine arriva fino a livello molecolare, significa che, quando si prova a riprodurre una reazione in provetta (in cui si possono controllare solo le concentrazioni) dovremmo ottenere dei risultati molto scarsi? Cioè, in provetta dovrebbe rimanerci una gran quantità di reagenti non combinati e solo una minima parte di essi si troverebbe, fortuitamente, ad interagire come nella cellula. E’ davvero così?

Di: Manuel

Manuel — Tue, 02 Mar 2010 16:39:29 +0000

ok.. scusate il ritardo imperdonabile, ma dovevo studiare per gli esami ç__ç.. e ora che ho terminato questa sessione posso riprendere la normale attività XD

innanzitutto sono contentissimo che caracolita ci abbia ritrovati!!!! mi chiedevo dove fosse finita e finalmente è riapparsa!!!! continua a seguirci, come sempre!

poi, hronir, l’unità enzimatica è una semplice unità di misura da laboratorio.. ed è la quantità di enzima che converte una micromole di substrato in prodotto nell’unità di tempo. non tutti sono d’accordo nell’usarla.. comunque è abbastanza pratica.. soprattutto se devi fare dei dosaggi enzimatici.. se si usassero semplicemente le unità di misura come moli e molarità avresti l’incomodo di doverti andare a calcore il peso molecolare dell’enzima stesso.. senza contare che l’unità enzimatica ti dà anche informazioni sulla processività dell’enzima. La misura della quantità dell’enzima, forse ti chiederai, come si fa ad ottenere? Molto spesso in modo indiretto attraverso l’assorbanza.

rispondendo alla tuo secondo commento, sono sufficientemente sicuro nel dirti che in molti casi l’ordine è sia a livello delle concentrazioni dei singoli reagenti (enzimi, substrati) sia a livello molecolare in senso stretto (tieni conto che in molti processi le proteine sono già disposte “in ordine” e aspettano di essere attivate da uno stimolo. è come se la via di trasduzione fosse preconfezionata aumentando così le probabilità che il messaggio arrivi fino dove deve arrivare), sia a livello di regolazione (il grado di regolazione delle vie di trasduzione del segnale e delle vie metaboliche è da far tremare le vene e i polsi, e ho scomodato Dante stesso per rendere l’idea!)

Di: hronir

hronir — Mon, 22 Feb 2010 21:55:23 +0000

Grazie Andrea, avevo già sentito parlare di questa cosa dell'evoluzione ;-) Preferivo un accenno in più al concetto di unità di enzima (ho trovato qualcosa su wikipedia ma sospetto avessi qualcosa di più interessante da dire sul tema di questo post...). En passant, non credo che sia necessario tirare in ballo la meccanica quantistica per i processi biologici, non almeno nei suoi effetti più caratteristici come l'entanglement o le sovrapposizioni coerenti. Senza che, con questo, voglia distogliere Alice dal suo desiderio di approfondimento :) Per precisare il senso del mio commento, contrapponevo l'ordine al caos in senso descrittivo, cercando di figurarmi se il metabolismo cellulare, che certamente non può che essere un processo mirabilmente ordinato, fosse ordinato a livello di singole macromolecole e delle loro interazioni steriche o piuttosto a un livello un po' superiore, a livello di regolazione delle concentrazioni dei reagenti.

Di: Alice

Alice — Mon, 22 Feb 2010 20:00:10 +0000

Grazie del consiglio. Sarà una lettura a cui mi dedicherò molto volentieri visto che sono malata di meccanica quantistica in modo decisamente irreversibile! :-)

Di: andrea altana

andrea altana — Mon, 22 Feb 2010 19:15:37 +0000

X HROMIR
Nella tua analisi manca un aspetto essenziale, ciò che definirei come il filo di Arianna per comprendere quel curioso fenomeno naturale che chiamiamo vita ossia l’EVOLUZIONE.La contraddizione fra un processo ordinato ed un processo casuale è una contraddizione solo apparente: il senso comune tende ad escludere che un processo finemente regolato possa originare dal caso. Anche in questo caso, però, il “buon senso” ci trae in inganno. Quel microscopico ed incredibilmente complesso macchinario molecolare rappresentato dalla cellula è il frutto di miliardi di anni di evoluzione nei quali piccolissimi cambiamenti originati casualmente si sono accumulati in una direzione, una direzione che però è tutt’altro che casuale! Ogni passo nella direzione sbagliata infatti è stato pagato con la morte o con l’estinzione. Contemporaneamente i piccolissimi passi nella direzione giusta si sono accumulati ad uno ad uno, giorno dopo giorno,anno dopo anno, per miliardi di anni sino ad ottenere un risultato talmente complesso da essere stupefacente e da farci immaginare un “progetto” alla base di ciò che osserviamo.
Il grande biologo-evoluzionista Richard Dawkins definisce tale percorso come “la conquista del monte improbabile”: il monte è stato scalato un passettino alla volta per miliardi di anni ed ora che siamo in cima, a guardare di sotto, ci vengono le vertigini….

X ALICE
Sull’argomento del post precedente mi sento di consigliare il libro “Meccanica quantistica e senso comune” scritto da Albert David Z. ed edito da Adelphi. E’ davvero bellissimo e richiede una conoscenza della matematica a livello di scuola superiore.

Di: Caracolita

Caracolita — Mon, 22 Feb 2010 08:59:11 +0000

Felice di avervi ritrovato dopo qualche vicissitudine che mi ha tenuta lontana dal web! Ho moltissimi post da recuperare, vedo…bene bene!!!

Di: hronir

hronir — Mon, 22 Feb 2010 08:55:03 +0000

No, no, Manuel, hai colto bene: con “à la Boltzmann” intendevo proprio “un calderone in cui tutto è mischiato e disordinato”; e appunto anche questa immagine mi sembrava una semplificazione eccessiva, di segno opposto a quella degli animeletti “senzienti”, ma pur sempre una semplificazione.

Forse la semplificazione à la Boltzmann è più vicina al vero in provetta, e la semplificazione à la Beethoven più vicina al vero nella cellula.

O forse è tutto questione di scala, e le due semplificazioni non si contraddicono. Forse (e dovete dirmi voi quanto irragionevoli può essere l’immagine che segue) la cellula è enorme rispetto alla taglia molecolare e l’ordine della cellula può non escludere il quasi-equilibrio (i.e. caso e disordine) chimico-termodinamico su scala molecolare.

Forse il tasso di replicazione, di traduzione, di espressione, etc sono, sì, dati certi coefficienti di diffusione, “solo” l’effetto statistico di opportune concentrazioni, come quelle che si possono ricreare artificialmente in provetta, ma queste concentrazioni sono create in precisi momenti e in precisi luoghi e circoscritti della cellula, con estrema cura e precisione.

Non so se un simile quadro ha un qualche senso, ma non sono nemmeno sicuro che sarebbe sufficiente a risolvere il paradosso ordine/disordine. Forse si limiterebbe solo a spostarlo di livello…

En passant, Andrea, mi spiegheresti meglio questa cosa delle UNITA’ per gli enzimi?

Di: Manuel

Manuel — Sat, 20 Feb 2010 17:39:50 +0000

Mi sono espresso male con: la probabilità che un fenomeno biologico avvenga dipende da fattori non prevedibili. effettivamente il termine prevedibile è scorretto. Credo che sarebbe stato meglio avessi scritto che un determinato fenomeno biologico è influenzato da un numero estremamente alto di fattori che possono aumentare o diminuire le probabilità che quel determinato fenomeno avvenga; il problema è che molto spesso noi non conosciamo tutti questi fattori, o se li conosciamo non sappiamo l’esatto contributo che danno. Non è che non li conosciamo perchè è impossibile conoscerli, ma non li conosciamo per motivi puramente pratici. Però, ammettendo che si conoscano i fattori più importanti in modo da poter ignorare quelli meno influenti, è possibilissimo prevedere una gran quantità di processi biologici attraverso software (che di solito il biologo non capisce come funzionino). Il punto è che per fare previsioni attendibili devi avere una grande quantità di informazioni (concentrazioni, coefficienti di diffusione, devi conoscere come gli elementi interagiscono ecc..) che spesso non possiedi.
Proprio per cercare di ovviare a queste numerose lacune (che pian piano si stanno riempiendo grazie appunto all’intervento di matematici, fisici e bioinformatici,) in una procedura sperimentale in biologia spesso sono più numerosi i punti di controllo che le effettive prove sperimentali.
Quello che dici, Andrea, è oltremodo giusto a mio avviso. Quello che accade a livello macroscopico lo posso prevedere deterministicamente, quello che accade a livello atomico o molecolare posso solo cercare di prevederlo statisticamente. Non avrò mai la certezza deterministca.

Alice, purtroppo temo che i lavori siano un po’ troppo specifici e tecnici, ma credo che ci sia qualche ottima review che ti posso consigliare.

Di: Alice

Alice — Fri, 19 Feb 2010 18:35:52 +0000

Interessantissimo. Ci consigli qualche lavoro in merito da leggere?